Mariinskijballetten blev grundlagt i 1740’erne efter dannelsen af den første russiske danseskole i 1738.

Den kejserlige teaterskole, som den oprindeligt hed, blev grundlagt den 4. maj 1738 i Vinterpaladset i Sankt Petersborg. Den skulle blive forgængeren for det nuværende Vaganova Ballet Academy. Skolens stiftende direktør var den franske balletmester og lærer Jean-Baptiste Landé, og formålet med at oprette skolen var at uddanne unge dansere til at danne det første russiske balletkompagni. Den første gruppe af elever omfattede 12 drenge og 12 piger, som senere skulle danne det, der skulle blive forgængeren for den nuværende Mariinsky Ballet.

Der findes meget få oplysninger fra balletkompagniets formative år, men det vides dog, at både skolen og balletkompagniet var forbundet ved navn og blev til Imperial Ballet School og Imperial Russian Ballet, navne, der fortsat blev brugt indtil afskaffelsen af det kejserlige styre. I slutningen af det 18. og begyndelsen af det 19. århundrede steg den kejserlige russiske ballet hurtigt til tops og kom til at ansætte nogle af de mest indflydelsesrige og berømte navne i ballethistorien, herunder Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito og Carlotta Grisi.

Som Imperial Russian Ballet er kompagniet mest berømt for at have uropført adskillige balletter af den berømte koreograf Marius Petipa. Han skabte mange af sine mest berømte værker i sin tid som balletmester og direktør for kompagniet i midten og slutningen af 1800-tallet. En række af hans balletter danner nu grundlaget for det traditionelle klassiske balletrepertoire, der opføres af balletkompagnier over hele verden, og som ofte har bevaret en stor del af Petipas koreografi. Disse balletter omfatter de originale opsætninger af Nøddeknækkeren, Tornerose, Don Quixote, La Bayadère og Raymonda samt populære genoplivninger af ældre balletter, herunder Coppélia, Giselle og Le Corsaire. Petipa’s genoplivning af balletten Svanesøen er måske hans mest berømte værk for kompagniet. Svanesøen, der oprindeligt blev koreograferet af Julius Reisinger til Bolsjojteatret i 1877, var i begyndelsen en kritisk og kommerciel fiasko. Petipa forsøgte at genoplive balletten med Pjotr Iljitj Tjajkovskij’s velsignelse, men komponisten døde, før den nye ballet blev skabt. Petipa arbejdede derfor sammen med sin bror Modest Tchaikovsky, som reviderede historien betydeligt og omskrev librettoen til den version, der nu almindeligvis opføres. Opførelsen blev koreograferet af Petipa og hans samarbejdspartner Lev Ivanov. Petipa/Ivanov/Tchaikovsky-opførelsen af Svanesøen, der havde premiere på Mariinskijteatret i 1895, blev en stor succes og betragtes nu som den mest berømte ballet gennem tiderne. Næsten alle efterfølgende opsætninger af Svanesøen er baseret på denne produktion fra 1895.

Efter den russiske revolution besluttede den sovjetiske regering, at balletskolen og -kompagniet var uønskede symboler på det tsaristiske regime, og lukkede dem begge. Balletkompagniet var det første, der blev genetableret og blev kendt som Soviet Ballet, mens skolen genåbnede senere som Leningrad State Choreographic School, begge forblev på deres tidligere steder.

Efter mordet på den fremtrædende sovjetiske figur Sergej Kirov i 1934 blev Soviet Ballet omdøbt til Kirov Ballet, et navn, der stadig nogle gange bruges fejlagtigt. Efter afslutningen af det kommunistiske styre blev balletkompagniet og operakompagniet omdøbt efter teatret og blev til Mariinsky Ballet og Mariinsky Opera. Begge kompagnier drives nu af teatret selv.

På trods af alle disse ændringer er den nuværende Mariinsky Ballet stadig knyttet til skolen, som nu er Vaganova Ballet Academy.