I 1289 mishandlede den javanesiske kong Kertanagara Kublai Khans udsending, som var blevet sendt for at kræve kongens underkastelse. Den mongolske kejser organiserede en straffeekspedition i 1292, men Kertanagara blev dræbt af en Kadiri-rebel, Jayakatwang, inden angriberne gik i land. Jayakatwang blev på sin side hurtigt væltet af Kertanagaras svigersøn, senere kendt som Kertarajasa, som udnyttede mongolerne til sin egen fordel og derefter tvang dem til at trække sig tilbage i forvirring. Rigets hovedstad blev flyttet til Majapahit. I nogle år måtte den nye hersker og hans søn, der betragtede sig selv som Kertanagara’s efterfølgere, undertrykke oprør på Java; først i 1319 blev Majapahits autoritet solidt etableret på Java med hjælp fra den berømte soldat Gajah Mada. Gajah Mada var øverste statsembedsmand under Kertanagaras datter Tribhuvanas regeringstid (ca. 1328-50), og i disse år blev den javanesiske indflydelse genoprettet på Bali, Sumatra og Borneo. Kertanagara’s oldebarn, Hayam Wuruk, blev konge i 1350 under navnet Rajasanagara.

Hayam Wuruks regeringstid (1350-89) huskes i øgruppen som den mest glorværdige periode i den javanesiske historie. Prapanchas digt Nagarakertagama giver et sjældent indblik i kongedømmet fra et 14. århundredes synspunkt. Digtet, der oprindeligt blev kaldt Desa warnana (“Beskrivelsen af landet”), beskriver sig selv som et “litterært tempel” og forsøger at vise, hvordan den kongelige guddommelighed gennemtrænger verden, renser den for urenheder og sætter alle i stand til at opfylde deres forpligtelser over for guderne og dermed over for det hellige land – det nu uopdelte kongerige Java. Digtet ligner snarere en tilbedelseshandling end en krønike. Digteren skjuler ikke sin hensigt om at ære kongen, og i traditionen for javanesisk poesi kan han have påbegyndt det under stimulans af en from meditation, der skulle bringe ham i kontakt med den guddommelighed, der var legemliggjort i kongen.

Kerneområderne for Hayam Wuruks styre var sandsynligvis betydeligt mere omfattende end hans forgængeres. Vigtige territoriale herskere, der var bundet til kongefamilien ved ægteskab, blev sat under overvågning ved at blive indlemmet i hofadministrationen. Selv om et netværk af kongelige religiøse stiftelser var centreret i hovedstaden, er det fortsat uklart, om der blev indført en mere centraliseret og varig regeringsstruktur, eller om rigets enhed og herskerens autoritet stadig var afhængig af herskerens personlige prestige. Prapancha tilskrev i hvert fald ikke Hayam Wuruk en urealistisk grad af autoritet, selv om hans digt er en uforklædt fremstilling af den kongelige guddommeligheds egenskaber og virkningerne af det guddommelige styre på Java. På deres rejser rundt i kongeriget gjorde de underordnede embedsmænd deres kongelige autoritet gældende i forhold til f.eks. skatter og kontrol med religiøse stiftelser. Et tegn på kongens prestige var hans beslutning om at foretage en landmåling for at sikre, at hans undersåtters privilegier blev opretholdt. I mangel af et udbygget administrationssystem blev regeringens autoritet styrket ved at dens repræsentanter var allestedsnærværende, og ingen satte et mere ihærdigt eksempel end kongen selv. Ifølge Prapancha “var prinsen ikke længe i den kongelige residens”, og en stor del af digtet er en beretning om kongelige fremskridt. På denne måde var Hayam Wuruk i stand til at gøre sin indflydelse gældende i urolige områder, gennemtvinge hyldest fra territoriale herrer, berolige landsbyens ældste ved sine besøg, kontrollere jordrettigheder, indsamle tribut, besøge hellige mænd på landet for at opnå sin egen åndelige oplysning og tilbede på mahayana-, shaivitiske og gamle javanesiske hellige steder. Hans utrættelige rejseaktivitet, i det mindste i de første år af hans regeringstid, betød, at mange af hans undersåtter havde mulighed for at komme i nærvær af en person, som de betragtede som modtageren af guddommelighed.

Et af de mest interessante afsnit i Nagarakertagama omhandler den årlige nytårsceremoni, hvor kongens rensende kræfter blev forstærket ved administration af helligt vand. Ceremonien, som blev overværet af lærde indiske besøgende, gjorde det muligt for digteren at hævde, at de eneste berømte lande var Java og Indien, fordi de begge indeholdt mange religiøse eksperter. På intet tidspunkt i løbet af året blev kongens religiøse rolle mere eftertrykkeligt anerkendt end ved nytåret, hvor rigets notabiliteter, vasalernes udsendinge og landsbyledere tog til Majapahit for at vise hyldest og blive mindet om deres pligter. Ceremonien sluttede med taler til de besøgende om behovet for at bevare freden og vedligeholde rismarkerne. Kongen forklarede, at kun når hovedstaden blev støttet af landområderne, var den sikker mod angreb fra “fremmede øer.”

Da digtet ærer kongen, er det ikke overraskende, at mere end 80 steder i øgruppen beskrives som vasalområder, og at kongerigerne på fastlandet, med undtagelse af Vietnam, siges at blive beskyttet af kongen. Prapancha, der mente, at kongens herlighed strakte sig i alle retninger, beskrev i detaljer, hvad han opfattede som grænserne for det relevante rum. Ikke færre end 25 steder på Sumatra er nævnt, og Molukkerne, hvis krydderier og andre produkter var en kilde til kongelig rigdom, er godt repræsenteret. På den anden side er det nordlige Celebes (Sulawesi) og Filippinerne ikke nævnt.

I Hayam Wuruks levetid var den javanesiske oversøiske prestige utvivlsomt betydelig, selv om kongen ikke krævede mere end hyldest og tribut fra sine vigtigere vasaller, såsom herskeren af Malayu på Sumatra. I 1377, da en ny Malayu-hersker vovede at søge om investitur fra Ming-dynastiets grundlægger i Kina, overbeviste Hayam Wuruks udsendinge i Nanking kejseren om, at Malayu ikke var et uafhængigt land. Den javanesiske indflydelse i øgruppen var imidlertid afhængig af herskerens autoritet på selve Java. Da Hayam Wuruk døde i 1389, så Palembang-herskeren i det sydøstlige Sumatra en mulighed for at frasige sig sin status som vasal. Han havde bemærket Ming-dynastiets genoprettelse af det længe forladte tributhandelssystem og dets forbud mod kinesiske rejser til Sydøstasien og formodede, at udenlandske handelsmænd igen ville få brug for den slags entrepôtfaciliteter i det vestlige Indonesien, som Srivijaya-Palembang havde stillet til rådighed århundreder tidligere. Han kan endda have annonceret sig selv som en bodhisattva og arving til maharajaerne i Srivijaya. Javanerne fordrev ham fra Palembang, og han flygtede til Singapore og derefter til Malacca på den malaysiske halvø.