Kotoamatsukami er en kraftfuld men subtil tankekontrollerende genjutsu, der hørte til Mangekyou Sharingan af Uchiha Shisui. Sharingans hypnoseøje indeholder kraften til at dominere målets vilje med casterens vilje på højeste niveau og undertrykker offerets bevidsthed for at tvinge dem til at gøre alt, hvad casteren ønsker. Kotoamatsukami er netop denne evne taget til endnu større højder.

Den kontrollerer målet ved at implantere en idé i deres sind og omforme deres tanker og beslutninger med falske oplevelser for at få dem til at tro, at idéen er helt deres egen. Offeret adlyder Shisui’s kommando uden at være klar over, at de bliver manipuleret, mens de rationaliserer deres fremtidige beslutninger perfekt ud fra den implanterede tanke. Kotoamatsukami er ikke engang en igangværende genjutsu; det tager kun få sekunder for illusionen at forvrænge offerets sind til at følge casterens bud efter at den er blevet aktiveret.

Når kommandoen slår rod, slutter jutsuen uden at efterlade spor af dens eksistens i deres chakrasystem til at opdage eller modvirke, så casteren behøver ikke at vedligeholde den. Og i modsætning til praktisk talt alle andre genjutsuer, som Sharingan udsender, er øjenkontakt ikke et nødvendigt krav for at påvirke et individ. Så længe de befinder sig inden for øjets synsfelt, er de et potentielt mål.

En hadet fjende kan blive en elsket ven, en retfærdig hersker kan ødelægge sit eget land, en hellig mand kan begå de dybeste udskejelser, og en modig helt kan blive den værste af alle skurke. Til trods for at den mangler den destruktive kraft som så mange andre jutsuer, kan den i de rigtige hænder let ændre verden.

Men som alle jutsuer har den sine svagheder. Det er muligt for offeret at overvinde dens manipulation, hvis de står over for tilstrækkelig grund til at tro, at den implanterede kommando er forkert og ikke bør følges. Fordi genjutsuen ikke er vedvarende, overskriver den ikke hele tiden offerets vilje med casterens, hvilket betyder, at de kan ændre mening, efter at den først er blevet kastet.

Det stærkeste forsvar mod Kotoamatsukami er faktisk at erkende, at den kontrollerer dine tanker og handlinger og derefter bevidst handle i modstrid med disse overbevisninger. Problemet er, at dette lyder langt lettere, end det faktisk er, fordi det er så svært at erkende, at genjutsuen nogensinde er blevet placeret, og offeret skal virkelig tro, at dets handlinger er blevet dikteret af den.

Et andet problem er, at den, der udsender kommandoen, ikke virkelig kan kontrollere, hvordan kommandoen udføres af offeret. De kan blive påvirket af casterens intentioner, men præcis hvordan de handler efter det afhænger af den type person, de er, og hvilke færdigheder og valgmuligheder de har til rådighed. At manipulere nogen til f.eks. at stjæle et værdifuldt objekt kan let føre til, at de stjæler mange andre skatte på samme tid, dræber alle, der kommer i vejen og ødelægger alt, hvad der bliver efterladt.

En anden overvejelse er, i hvor høj grad kommandoen tvinger individet til at handle på en måde, der ville være i modstrid med deres naturlige valg. Hvis kommandoen er noget, som individet realistisk set kunne have valgt selv med en stærk begrundelse, så er det lettere for manipulationen at finde sted uden nogensinde at blive opdaget.

Men hvis den derimod går helt imod deres naturlige valg, så vil uoverensstemmelsen være så meget desto mere iøjnefaldende; det ville faktisk ikke stoppe offeret, men det ville gøre det mere sandsynligt, at manipulationen ville blive opdaget og, potentielt, imødegås. Hvad der kan ske, afhænger af individet og situationen.

Den mest åbenlyse svaghed ved jutsuen er omkostningerne ved dens brug. Når først Kotoamatsukami er blevet brugt, kan den ikke aktiveres fra det pågældende øje igen i ti år. Shisui vækkede først sin Mangekyou Sharingan i en ung alder som medlem af Root, men da han døde i tyverne, fik han ikke engang mulighed for at bruge jutsuen mere end fire gange i alt. Han kompenserede for dette faktum ved at bruge den med stor effekt, når muligheden var til stede.

Kotoamatsukami kan også kastes fra begge øjne samtidig, hvilket skaber en effekt, der er langt større end summen af dens dele. Men det ville naturligvis betyde, at begge øjne ikke ville være i stand til at aktivere jutsuen i ti år. Når begge øjne bruges på et enkelt individ, bliver den kommando, der er implanteret i deres sind, fuldstændig ubarmhjertig. Den forvrænger enhver tanke, følelse og hukommelse, indtil denne idé bliver selve centrum for offerets væsen, en besættelse, der ikke kan holdes tilbage eller stoppes, før de følger den til dørs.

En anden måde, hvorpå begge øjne kan bruges, er at kaste genjutsuen på flere personer på samme tid. I stedet for kun at kunne påvirke en enkelt person, kontrollerer casteren alle inden for deres synsfelt med en implanteret kommando. Det er begrænset til kun én kommando, som deles af alle dem, der er fanget under dens virkning, men det betyder, at der er en gruppe af mennesker, der alle arbejder mod et enkelt mål, som endda kan bringes til at arbejde sammen for at nå dette mål, hvilket kan gøre det langt lettere at bære.

Det var denne utrolige effekt, som Shisui havde ventet på sin tid. Han havde ventet til han kunne aktivere Kotoamatsukami i begge øjne for at gøre en ende på Uchiha’s oprør før det begyndte. Den dag, han døde, ville Shisui have været til det møde, som de vigtigste Uchiha ville have deltaget i, og derefter kaste sin genjutsu på dem alle.

Men Shimura Danzo kendte til denne kraft og kunne ikke stole på, at Shisui ikke ville bruge denne kraft mod Konoha for at hjælpe sin klan. Danzo stjal et af Shisu’s øjne og brugte det selv og eksperimenterede med Hashirama’s kraftfulde chakra for at reducere cooldown effekten indtil han kunne bruge det på daglig basis. Det andet øje blev givet til Itachi, drengen han elskede og stolede på som en bror, men kunne ikke bruges i yderligere ti år, da Shisui havde brugt dets kraft til at flygte fra Danzo og hans mænd efter at have mistet det andet.