John Cotton, (født 4. dec. 1585 i Derby, Derbyshire, England – død 23. dec. 1652 i Boston, Massachusetts, USA). ), indflydelsesrig puritansk leder i New England, der hovedsageligt fungerede som “lærer” for First Church of Boston (1633-52) efter at være flygtet fra den engelske kirkes forfølgelse af nonkonformister.
Cotton blev uddannet på Trinity College i Cambridge og blev præst i sognekirken St. Botolph’s i Boston, Lincolnshire, i 1612 og forblev i den stilling i 21 år. I løbet af denne tid blev han gradvist mere puritansk i sin indstilling, og han ophørte med at overholde visse anglikanske religiøse ritualer i sin udøvelse af sit hverv. I 1632 blev der anlagt sag mod ham på grund af hans nonkonformisme, og i juli 1633 emigrerede han til Massachusetts Bay Colony, hvor han blev “lærer” i First Church of Boston og forblev det til sin død. Hans popularitet i kolonien var ubegrænset, og hans indflydelse i både civile og kirkelige anliggender var sandsynligvis større end nogen anden præsts indflydelse i det teokratiske New England.
Cotton skrev flere værker, der udgør en uvurderlig fremstilling af kongregationalismen i New England, herunder The Way of the Churches of Christ in New England (1645) og The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Den katekismus, som han skrev, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646), blev i mange år i New England brugt i vid udstrækning til religiøs undervisning af børn.