Typer af immunofluorescens
Der findes to klasser af immunofluorescensteknikker, primære (eller direkte) og sekundære (eller indirekte).
Primær (direkte)
Primær, eller direkte, immunofluorescens anvender et enkelt antistof, der er kemisk forbundet med en fluorofore. Antistoffet genkender målmolekylet og binder sig til det, og den fluorofore, som det bærer, kan påvises via mikroskopi. Denne teknik har flere fordele i forhold til den sekundære (eller indirekte) protokol nedenfor på grund af den direkte konjugering af antistoffet til fluoroforen. Dette reducerer antallet af trin i farvningsproceduren, hvilket gør processen hurtigere og kan reducere baggrundssignalet ved at undgå visse problemer med krydsreaktivitet eller uspecificitet af antistoffer. Da antallet af fluorescerende molekyler, der kan bindes til det primære antistof, er begrænset, er direkte immunofluorescens imidlertid mindre følsomt end indirekte immunofluorescens.
Sekundær (indirekte)
Sekundær eller indirekte immunofluorescens anvender to antistoffer; det umærkede første (primære) antistof binder specifikt målmolekylet, og det sekundære antistof, som bærer fluoroforen, genkender det primære antistof og binder sig til det. Flere sekundære antistoffer kan binde et enkelt primært antistof. Dette giver en signalforstærkning ved at øge antallet af fluorophore-molekyler pr. antigen. Denne protokol er mere kompleks og tidskrævende end den primære (eller direkte) protokol ovenfor, men den giver større fleksibilitet, fordi der kan anvendes en række forskellige sekundære antistoffer og detektionsteknikker til et givet primært antistof.