Om HMS LINCS Center

Harvard Medical School (HMS) LINCS Center er finansieret af NIH-tilskuddet U54 HL127365 og er en del af NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Program. De overordnede mål med dette program er at indsamle og formidle data og analytiske værktøjer, der er nødvendige for at forstå, hvordan menneskelige celler reagerer på forstyrrelser fra lægemidler, miljøet og mutationer. Yderligere oplysninger om LINCS og andre deltagende centre findes på programmets websted.

HMS LINCS Center har til formål at afdække de grundlæggende principper for cellulær respons på forstyrrelser, herunder forholdet mellem dosis og respons, oprindelsen og betydningen af celle-til-celle-variation og det molekylære grundlag for lægemiddelfølsomhed og -resistens. Data genereret på HMS omfatter multiplex biokemiske, proteomiske og billeddannende assays, for hvilke formidlingsstandarderne er dårligt udviklet; forbedring af disse og frigivelse af alle data, algoritmer og konklusioner fra vores notesbøger og papirer er et centralt mål for centret. Centret udvikler også nye algoritmer til analyse i stor skala af komplekse perturbagen-respons-datasæt, som er tilgængelige via tilpassede projektoversigtssider. Vi offentliggør typisk mindst én biologisk analyse af hvert datasæt, men disse artikler beskriver kun én af mange anvendelser af dataene. Vi opfordrer brugerne til at udforske de primære data ud fra deres egne idéer og algoritmer.

Assays

Vi fokuserer på biokemiske og cellebaserede assays på (i) små molekylære kinasehæmmere, en førende klasse af terapeutiske midler til behandling af kræft, autoimmune sygdomme og andre sygdomme; (ii) epigenom-modifikatorer såsom bromodomain- og HDAC-hæmmere; og (iii) naturligt forekommende ligander såsom vækstfaktorer og inflammatoriske cytokiner. Samlet set er vi ved at profilere reaktioner fra ~100 cellelinjer og primære celletyper på ~400 forstyrrende stoffer på tværs af dosis og tid.

Adgang til data, algoritmer og værktøjer

HMS LINCS giver rettidig offentlig adgang til alle relevante data og software i overensstemmelse med datafrigivelsespolitikken for NIH’s LINCS-program. Både simpel download og programmatisk adgang understøttes.

Dataudforskning og anvendelsestilfælde: Sammenfatnings- og udforskningssider for HMS LINCS-publikationer indeholder beskrivelser af de vigtigste resultater, links til relevante datasæt i HMS LINCS-databasen og brugerdefinerede datavisualiseringsværktøjer. Disse og andre værktøjer er tilgængelige via vores softwareside.

Dataadgang: Alle offentligt udgivne HMS LINCS-datasæt og metadata om reagenser er tilgængelige via HMS LINCS-databasen, hvor søgefunktioner gør det muligt at søge efter specifikke datasæt og reagenser (f.eks. efter celletype eller perturbagen). Disse søge- og downloadfunktioner bliver aktivt forbedret, og vi opfordrer brugerne til at sende feedback til lincs-feedback hms.harvard.edu.