I sidste halvdel af det 16. århundrede blev en række daimyōs stærke nok til enten at manipulere Ashikaga-shogunatet til deres egen fordel eller til at vælte det helt og holdent. Et forsøg på at vælte bakufu’en (den japanske betegnelse for shogunatet) blev gjort i 1560 af Imagawa Yoshimoto, hvis march mod hovedstaden fik en skændig afslutning for Oda Nobunaga i slaget ved Okehazama. I 1562 blev Tokugawa-klanen, der lå ved siden af Nobunagas område øst for, uafhængig af Imagawa-klanen og allierede sig med Nobunaga. Den østlige del af Nobunagas territorium blev ikke invaderet af denne alliance. Nobunaga flyttede derefter sin hær mod vest. I 1565 forsøgte en alliance af Matsunaga- og Miyoshi-klanerne et kup ved at myrde Ashikaga Yoshiteru, den 13. Ashikaga shōgun. Interne skænderier forhindrede dem dog i at handle hurtigt for at legitimere deres krav på magten, og det lykkedes dem først i 1568 at indsætte Yoshiterus fætter, Ashikaga Yoshihide, som den næste shōgun. Det var imidlertid ikke lykkedes at komme ind i Kyoto og opnå anerkendelse fra det kejserlige hof, hvilket havde efterladt arvefølgen i tvivl, og en gruppe af bakufu-ansatte under ledelse af Hosokawa Fujitaka forhandlede med Nobunaga for at opnå støtte til Yoshiterus yngre bror, Yoshiaki.

Nobunaga, som i en årrække havde forberedt sig på netop en sådan mulighed ved at etablere en alliance med Azai-klanen i den nordlige Ōmi-provins og derefter erobre den nærliggende Mino-provins, marcherede nu mod Kyoto. Efter at have slået Rokkaku-klanen i det sydlige Ōmi tvang Nobunaga Matsunaga-klanen til at kapitulere og Miyoshi-klanen til at trække sig tilbage til Settsu. Derefter trængte han ind i hovedstaden, hvor det lykkedes ham at opnå anerkendelse fra kejseren for Yoshiaki, som blev den 15. og sidste Ashikaga shōgun.

Nobunaga havde dog ingen intentioner om at tjene Muromachi bakufu, og i stedet vendte han nu sin opmærksomhed mod at stramme sit greb om Kinai-området. Modstand i form af rivaliserende daimyōs, uforsonlige buddhistiske munke og fjendtlige købmænd blev elimineret hurtigt og nådesløst, og Nobunaga fik hurtigt et ry som en skånselsløs og ubarmhjertig modstander. Til støtte for sine politiske og militære tiltag indførte han økonomiske reformer og fjernede hindringer for handel ved at ophæve de traditionelle monopoler, der blev holdt af helligdomme og gilder, og ved at fremme initiativ ved at indføre frie markeder, kendt som rakuichi-rakuza.

Den nyindsatte shōgun Ashikaga Yoshiaki var også yderst på vagt over for sin magtfulde nominelle tjener Nobunaga og begyndte straks at konspirere mod ham ved at danne en bred alliance af næsten alle daimyō, der grænser op til Oda-riget. Dette omfattede Odas nære allierede og svoger Azai Nagamasa, den yderst magtfulde Takeda Shingen samt munkekrigerne fra Tendai-buddhisternes klostercenter på Mount Hiei nær Kyoto (som blev det første store tab i denne krig, da det blev fuldstændig ødelagt af Nobunaga).

Mens Oda-hæren blev kørt fast af kampe på alle hjørner, førte Takeda Shingen det, der på det tidspunkt generelt blev anset for at være den mest magtfulde hær i Japan, og marcherede mod Odas hjemmebase Owari og knuste nemt Nobunagas unge allierede og fremtidige shōgun Tokugawa Ieyasu i slaget ved Mikatagahara undervejs.

Men da Takeda-hæren var på nippet til at udslette Oda-Tokugawa-alliancen, omkom Takeda Shingen pludselig under mystiske omstændigheder. (Flere forslag til hans død omfatter slagmarkens død fra skarpskytter, ninja-mord og mavekræft). Da Takeda-hæren pludselig havde mistet deres leder, trak Takeda-hæren sig hurtigt tilbage til deres hjemmebase i Kai-provinsen, og Nobunaga blev reddet fra undergangens rand.

Med Takeda Shingens død i begyndelsen af 1573 smuldrede “Anti-Oda-alliancen”, som Ashikaga Yoshiaki skabte, hurtigt, da Nobunaga i hurtig rækkefølge ødelagde alliancen af Asakura-klanen og Azai-klanen, der truede hans nordlige flanke, og kort efter fordrev shōgun’en selv fra Kyoto.

Selv efter Shingens død var der stadig flere daimyōs tilbage, der var stærke nok til at modstå Nobunaga, men ingen af dem befandt sig tæt nok på Kyoto til at udgøre en politisk trussel, og det viste sig, at en forening under Oda-banneret var et spørgsmål om tid.

Nobunagas fjender var ikke kun andre daimyōs, men også tilhængere af en Jōdo Shinshū-sekt af buddhismen, der gik til Ikkō-ikki, ledet af Kennyo. Han holdt ud, selvom Nobunaga blev ved med at angribe hans fæstning i ti år. Nobunaga udviste Kennyo i det ellevte år, men på grund af et oprør forårsaget af Kennyo tog Nobunagas område størstedelen af skaderne. Denne lange krig blev kaldt Ishiyama Hongan-ji-krigen.

Nobunaga var meget interesseret i fremmede kulturer, især dem fra Vesteuropa. En betydelig del af den vestlige kristne kultur blev indført i Japan af missionærer fra Europa. Fra denne eksponering fik Japan nye fødevarer, en ny tegnemetode, astronomi, geografi, lægevidenskab og nye trykteknikker. Det mest afgørende var, at handelen med Europa forsynede Nobunagas hære med nye våben, blandt andet matchlockgeværet eller arquebussen.

Nobunaga besluttede at reducere de buddhistiske klostres magt og gav beskyttelse til kristendommen, selv om han aldrig selv konverterede til kristendommen. Han slagtede mange buddhistiske præster, der gjorde modstand mod ham, og brændte deres befæstede templer.

De europæiske handelsmænds og katolske missionærers aktiviteter(Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino og mange missionærer) i Japan, ikke mindre end japanske foretagender i udlandet, gav perioden et kosmopolitisk præg.

I perioden fra 1576 til 1579 byggede Nobunaga på bredden af Biwa-søen ved Azuchi Azuchi-slottet, et storslået syvetagers slot, der ikke blot skulle tjene som en uindtagelig militær befæstning, men også som en overdådig residens, der skulle stå som et symbol på foreningen.

Når Nobunaga havde sikret sig sit greb om Kinai-området, var han nu mægtig nok til at give sine generaler til opgave at underlægge sig de fjerntliggende provinser. Shibata Katsuie fik til opgave at erobre Uesugi-klanen i Etchū, Takigawa Kazumasu konfronterede Shinano-provinsen, som en søn af Shingen Takeda Katsuyori regerer, og Hashiba Hideyoshi fik den formidable opgave at stå over for Mōri-klanen i Chūgoku-regionen i det vestlige Honshū.

I 1575 vandt Nobunaga en betydelig sejr over Takeda-klanen i slaget ved Nagashino. På trods af det stærke ry for Takedas samurai-kavaleri omfavnede Oda Nobunaga den relativt nye teknologi med arquebus og påførte ham et knusende nederlag. Arven fra dette slag tvang til en fuldstændig revision af den traditionelle japanske krigsførelse.

I 1582, efter et langvarigt felttog, bad Hideyoshi Nobunaga om hjælp til at overvinde den hårdnakkede modstand. Nobunaga, der gjorde et stop i Kyoto på sin vej mod vest med kun et lille kontingent af vagter, blev angrebet af en af sine egne utilfredse generaler, Akechi Mitsuhide, og begik selvmord.