Navnet “Óbidos” er en latiniseret (oppidum, citadel) afledt af det ældre keltiske “Eburobricio”. Kommunen havde sin vækst fra en romersk bebyggelse nær foden af en forhøjet skråning. Regionen Óbidos, der strækker sig fra Atlanterhavet til det indre af Estremadura-provinsen langs floder og søer, har været beboet siden slutningen af palæolitisk tid. De tidlige keltiske stammer byggede en bosættelse, som senere blev et handelscentrum for fønikierne. Arkæologiske beviser fra foden af det middelalderlige tårn (syd for Facho) på Óbidos Castle tyder på romersk byggeri, der er forbundet med en forpost til den romerske civitas Eburobrittium, et stort byområde, som er under udgravning. Ved arkæologiske undersøgelser blev der fundet rester af et forum, bade og andre romerske strukturer i nærheden af bebyggelsen.
Efter Roms fald kom regionen under vestgoternes indflydelse, selv om der mangler specifikke optegnelser. Den romerske by Eburobrittium blev forladt i det 5. århundrede til fordel for den mere sikre bakketop, hvor den vigtigste bebyggelse i dag er beliggende. Engang efter 713 etablerede maurerne en befæstning på dette bjerg, mens et kristent samfund af mozarabere boede i Moncharro-området.
Området blev taget fra maurerne af Portugals første konge, Afonso Henriques, i 1148. Traditionen siger, at en ridder, Gonçalo Mendes da Maia, var ansvarlig for den vellykkede stormning af den mauriske borg. Genindtagelsen af Óbidos var et sidste skridt i erobringen af Estremadura-provinsen efter bosættelserne i Santarém, Lissabon og Torres Vedras. Efter kontrollen med regionen fik bygden sit første foral (charter) i 1195 under kong Sancho I. I 1210 gav kong Afonso II denne landsby titel til dronning Urraca. Siden da har Óbidos ofte været protektorat af Portugals dronninger, hvilket har givet anledning til dens uformelle titel Vila das Rainhas (på engelsk: town of the Queens); flere kongelige gemalinder berigede landsbyen med donationer fra middelalderen og frem til det 16. århundrede.
Borgen og murene i Óbidos blev ombygget under kong Dinis I. Kalksten- og marmorstrukturen blev forstærket og udbygget, mens borganlægget blev skabt i det 14. århundrede af kong Fernando. På tidspunktet for det første ombygningsprojekt var bebyggelsen også vokset uden for slottets porte.
Kirken Santa Maria i Óbidos dannede rammen om kong Afonso V’s bryllup med sin kusine, prinsesse Isabella af Coimbra, den 15. august 1441, da de begge stadig var børn på henholdsvis 9 og 10 år. De administrative reformer, som kong Manuel I gennemførte i Óbidos i 1513, omfattede indførelsen af et formelt charter og en større rekalificering af byområdet.
Det jordskælv i 1755 forårsagede skader på landsbyens mure, nogle få kirker og mange bygninger og resulterede i tab af arkitektur af arabisk eller middelalderlig inspiration. Tilsvarende blev halvøkrigene udkæmpet i nærheden af Óbidos, herunder slaget ved Roliça. I nyere tid var landsbyen regeringscentrum og mødested for de involverede i nellikerevolutionen i 1974, hvilket knyttede den til oprøret i de væbnede styrkers bevægelse.