En stor del av allmänhetens oro över skottlossning av kängururur härrör från avlivningen av honkängor och den därav följande döden av deras joeys. Enligt Australian National Code of Practice for the Humane Shooting of Kangaroos and Wallabies for Commercial Purposes (2020) och Australian National Code of Practice for the Humane Shooting of Kangaroos and Wallabies for Non-Commercial Purposes (2008) ska en skytt som dödar en hona med pungungar döda jojken. Beroende på joeyens storlek sker detta vanligtvis genom halshuggning eller ett slag mot huvudet. Större ungar kan dödas genom skjutning. Om skytten inte dödar dem är det mycket troligt att beroende ungar kommer att dö av svält, utsatthet eller rovdjur.

I Code of Practice avråds skyttar från att skjuta honor som bär på stora pungungar. När honor med ungar vid foten skjuts tenderar ungarna att skingras, och det är osannolikt att dessa joys kommer att överleva om de inte är helt oberoende av sina mödrar. När honor med ungar i pung skjuts och deras ungar måste dödas, är de metoder som finns tillgängliga för skyttarna begränsade och deras relativa humanitet är inte helt känd. Kommersiella känguruskyttar måste genomgå utbildning i att skjuta vuxna kängururur och måste klara ett skyttekompetensprov, men de får ingen utbildning i hur man på ett humant sätt avlivar joeys. En undersökning har visat att de metoder som för närvarande används för att avliva föräldralösa joys är relativt humana när de utförs av skickliga och erfarna kommersiella skyttar . Det rekommenderas dock att alla skyttar får utbildning, kompetensbedömning och övervakning för att se till att alla föräldralösa joeys avlivas på ett humant sätt. De flesta skyttar är oförmögna att identifiera eller fånga föräldralösa ungar vid foten som sannolikt kommer att dö av svält, rovdrift eller exponering.

Det kan vara så att den enda lösningen för att helt undvika potentiell grymhet mot ungar i pungpung är att inte skjuta honor överhuvudtaget. För flera år sedan antog stora känguruförädlare denna policy. Vissa markägare anser dock att skjutning av enbart hanar inte tar bort tillräckligt många känguruer och därför kan de också anlita en icke-kommersiell skytt för att avliva honorna. Som svar på detta har kommersiella bearbetningsföretag åter börjat skjuta honor. Även om detta sannolikt kommer att resultera i fler föräldralösa joeys jämfört med om man bara skjuter hanar, bör de övergripande välfärdsriskerna i samband med kommersiella skyttar minska jämfört med icke-kommersiella skyttar som skjuter på honor. Icke-kommersiella skyttar är inte skyldiga att genomgå utbildning eller bedömning av skötselnoggrannhet – och de övervakar inte heller djurens välbefinnande – vilket innebär att det finns ett mindre förtroende för att kängururuerna kommer att avlivas på ett humant sätt. Detta är ett tillägg till de välfärdsrisker som är förknippade med föräldralösa ungar. Införandet av obligatorisk utbildning, kompetensbedömning och djurskyddsövervakning av skyttar i samband med behandlingen av föräldralösa ungar är en prioritet.