I början av 1960 var Ruby ett av sex svarta barn i New Orleans som klarade testet för att avgöra om de kunde gå i den vita William Frantz Elementary School. Två av de sex bestämde sig för att stanna kvar på sin gamla skola, Ruby gick ensam till skolan och tre barn flyttades till McDonogh nr 19 och blev kända som McDonogh Three. Ruby och hennes mamma eskorterades till skolan av så många som fyra federala poliser under hela det första året.
Rubys pappa var till att börja med tveksam, medan hennes mamma kände att hon inte bara behövde ge sin dotter en bättre utbildning, utan också ”ta det här steget framåt … för alla afroamerikanska barn”. Kvinnan övertalade till slut sin man att låta henne gå i skolan.
Domare J. Skelly Wrights beslut om den första dagen med integrerade skolor i New Orleans den 14 november 1960 uppmärksammades av Norman Rockwell i hans målning The Problem We All Live With (publicerad i Look den 14 januari 1964). Ruby beskriver det så här: ”När jag gick upp kunde jag se folkmassan, men eftersom jag bor i New Orleans trodde jag faktiskt att det var Mardi Gras. Det var en stor folkmassa utanför skolan. De kastade saker och skrek, och sånt händer i New Orleans på Mardi Gras.” Den tidigare biträdande US Marshall Charles Burks minns: ”Han visade mycket mod. Han grät eller gnällde aldrig. Så snart Ruby hade blivit antagen till skolan drog vita föräldrar tillbaka sina barn och alla lärare vägrade att arbeta så länge som ett svart barn var inskrivet. Endast en person gick med på att undervisa Ruby: Barbara Henry från Boston, Massachusetts. I över ett år undervisade Barbara Henry en klass som endast bestod av Ruby Bridges ”som om hon undervisade en hel klass”.
Den första dagen tillbringade Ruby och hennes vuxna ledsagare hela dagen på rektorns kontor, och kaoset i samband med protesterna hindrade dem från att gå till skolan förrän den andra dagen. Den andra dagen bröt dock en vit elev bojkotten och gick in i skolan. Han var en 34-årig metodistpastor, Lloyd Anderson Foreman, som gick med sin femåriga dotter Pam genom den arga folkmassan och sa: ”Jag vill bara ha förmånen att få ta min dotter till skolan. Några dagar senare började andra vita föräldrar ta med sina barn och protesterna började avta. Varje morgon när Ruby gick till skolan hotade en kvinna att förgifta henne. På grund av detta lät de US Marshalls som skickades av president Eisenhower, som övervakade broarnas säkerhet, Ruby bara äta den mat hon hade med sig hemifrån.
Barnpsykiatrikern Robert Coles erbjöd sig att ge Ruby råd under hennes första år på Frantz. De träffades varje vecka i Rubys hem och skrev senare en barnbok, The Story of Ruby Bridges, för att öka medvetenheten om Rubys historia.
Rubys familj drabbades av beslutet att skicka henne till William Frantz Elementary: hennes pappa förlorade sitt jobb, den livsmedelsbutik där familjen alltid hade handlat lät dem inte längre handla, och hennes morföräldrar, som var delägarbönder i Mississippi, blev berövade sin mark. Ruby hade märkt att många andra i samhället, både svarta och vita, visade sitt stöd på olika sätt: vissa vita familjer fortsatte att skicka sina barn till Frantz trots protester, en granne gav hennes far ett nytt jobb och lokala barnvakter betraktade henne och hennes familjemedlemmar som beskyddare, till den grad att de gick bakom den federala polisens bil på skolresor.