Det är okänt vad som hände.
Vi vet vad som inte hände. En populär fan-teori är att det skedde någon form av katastrof där Zero bröt sig loss och dödade alla. Detta har Keiji Inafune själv uttryckligen avvisat.
Wily antyds ha överlevt genom Maverick-viruset och är definitivt den som skapade det och Zero. Det råder ingen tvekan om det, åtminstone.
Om jag var tvungen att gissa: Roll slutade förmodligen med att slitas ut senare.
Blues/Protoman dog troligen av sin energibalans.
Det är troligt att Megaman och Forte/Bass så småningom dödade varandra.
Lights hälsa var uppenbarligen sviktande i flashbacks från Day of Sigma, så det är troligt att han helt enkelt dog av naturliga orsaker.
Det har starkt antytts, men aldrig bekräftats, att Wily laddade upp sitt sinne till en dator.
Ett alternativt öde för Megaman skulle kunna vara detta: En av Dr. Wilys Robot Masters är Quint, en omprogrammerad version av Megaman som Wily stal från 34 år i framtiden. Vid den tidpunkten var Megamans kamp över och han hade fått sina stridsdelar borttagna, så Wily gav honom nya i ett försök att döda sitt tidigare jag. Megaman besegrade honom naturligtvis, men jag är ganska säker på att Quint inte förstördes.
Jag är inte säker på vad som hände där.