IPEX syndrom utvecklas oftast under de första dagarna eller veckorna i livet och drabbar uteslutande pojkar. Det manifesterar sig klassiskt med det sekventiella uppträdandet av triaden enteropati, autoimmun sjukdom (särskilt diabetes mellitus typ I) och kutan involvering, men de kliniska dragen och sjukdomens svårighetsgrad kan variera avsevärt mellan individer. Svår autoimmun enteropati yttrar sig i form av svårhanterlig sekretorisk diarré som leder till malabsorption, elektrolytstörningar och bristande tillväxt. Kräkningar, ileus, gastrit eller kolit kan också observeras. Patienterna uppvisar också autoimmuna endokrinopatier, i allmänhet insulinberoende diabetes mellitus (typ 1 DM) ofta i spädbarnsåldern eller tidig barndom, men även thryroidit som leder till hypotyreoidism eller hypertyreoidism. Hudpåverkan består av en generaliserad pruriginös eruption som liknar eksem, psoriasis och/eller atopisk eller exfoliativ dermatit. Mindre ofta kan alopeci eller onychodystrofi observeras. Patienterna kan utveckla autoimmuna cytopenier, trombocytopeni, hemolytisk anemi och neutropeni. Autoimmun inblandning kan också leda till pneumonit, hepatit, nefrit, myosit, splenomegali och/eller lymfadenopati. Lokala eller systemiska infektioner (t.ex. lunginflammation, Staphylococcus aureus-infektioner, candidiasis) kan förekomma, men verkar bero på förlust av hud- och tarmbarriärer, immunosuppressiva behandlingar och dålig näring snarare än på en primär immunbrist. Neurologiska fynd, inklusive perifer neuropati, myopati och hypotoni, har beskrivits,

.