MODELLER används för homologisk eller jämförande modellering av tredimensionella proteinstrukturer (1,2). Användaren tillhandahåller en anpassning av en sekvens som skall modelleras med kända relaterade strukturer och MODELLER beräknar automatiskt en modell som innehåller alla atomer som inte är väteatomer.MODELLER genomför jämförande modellering av proteinstrukturer genom att uppfylla rumsliga begränsningar (3,4) och kan utföra många ytterligare uppgifter, inklusive de novo-modellering av slingor i proteinstrukturer, optimering av olika modeller av proteinstrukturer med avseende på en flexibelt definierad målfunktion, multipel anpassning av sekvenser och/eller strukturer av proteiner, klusterindelning, sökning i sekvensdatabaser, jämförelse av proteinstrukturer, etc. MODELLER kan laddas ner för de flesta Unix/Linux-system, Windows och Mac.

Det finns flera grafiska gränssnitt till MODELLER i handeln. Det finns också många andra resurser och personer som använder Modeller i grafiska gränssnitt, webbgränssnitt eller andra ramar.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Comparative protein structure modeling of gene and genomes.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

Den nuvarande versionen av Modeller är 10.1, som släpptes den 18 mars 2021. Modeller underhålls för närvarande av Ben Webb.