Nerja har en lång historia, vilket bevisas av de primitiva målningar som hittades i de berömda grottorna i Nerja, som upptäcktes 1959. Dessa grottor tros nu bara vara en ingång till en sammanlänkad serie av slukhål som sträcker sig flera kilometer in i bergen mellan Nerja och Granada, och som ännu kan visa sig vara ett av de mest omfattande outforskade systemen i Europa. Besökare till grottorna kommer att kunna se resterna av en av de gamla invånarna i Nerja.
Romanerna byggde här tre bosättningar, bland annat Detunda, av vilken man nu kan se stora rester. Området togs senare över av araberna i början av 800-talet. Under morerna var staden känd som Narixa, vilket betyder ”riklig källa”, varifrån det nuvarande namnet härstammar.
Dess jordbruks- och silkesprodukter sägs ha varit berömda i hela den muslimska världen och på marknaderna i Damaskus så tidigt som på 900-talet.
Balcón de Europa, en mirador eller utsiktsplats som ger en fantastisk utsikt över havet, ligger i centrum av den gamla staden. Dess namn tros populärt sett ha myntats av kung Alfonso XII, som besökte området 1885 efter en katastrofal jordbävning och blev fängslad av scenen. Den lokala folkloren säger att han stod på den plats där Balcón nu står och sa ”Detta är Europas balkong”. Lokala arkivdokument sägs visa att namnet var äldre än detta besök, men detta har inte hindrat myndigheterna från att placera en staty i naturlig storlek (och mycket fotograferad) av kungen som står vid räcket.
Balcón-området var ursprungligen känt som La Batería, en hänvisning till det kanonbatteri som fanns där i ett befäst torn. Denna placering och ett liknande torn i närheten förstördes under halvönskekriget. I maj 1812 stödde de brittiska fartygen Hyacinth, Termagant och Basilisk spanska gerillasoldater på Granadas kust mot fransmännen. Den 20 maj öppnade Termagant eller Hyacinth eld och fortet förstördes. Två rostiga kanoner som står i slutet av Balcón påminner om dessa våldsamma tider. De enorma stenklumparna, resterna av La Batería, som syns i havet vid slutet av Balcón, är ytterligare bevis på denna aktion.
.