1999-2004: Onset of Putrefaction och EpitaphEdit
Necrophagists debutalbum Onset of Putrefaction har varit slut i flera år. Slagverket på albumet sköttes av en trummaskin. Så småningom skapades en nyutgåva med trumsamplingar inspelade av Hannes Grossmann. Alla de gamla gitarr-, basgitarr- och sångspåren blandades tillsammans med de helt nya trumproverna. Återutgåvan innehåller även två låtar från Necrophagists självbetitlade demoband från 1995. Hela skivan har också iscensatts av Necrophagists mångåriga ingenjör och producent Christoph Brandes på The Iguana Studios. Det masteriserades av Bob Katz på ”Digital Domain” i Orlando, Florida. Återutgivningen gavs ut 2004 av Willowtip i USA/Kanada och Relapse i resten av världen. I augusti 2001 uppträdde Necrophagist på friluftsfestivalen Brutal Assault i Tjeckien. Bandet återkom även för att uppträda under åren 2003, 2005 och 2010.
2004-2012: Turnéer och fortsatta ändringar i lineupenRedigera
Den 10 februari 2006 meddelades att Christian Münzner hade lämnat bandet på grund av schemakonflikter. Senare anslöt han sig till death metal-bandet Obscura. En ersättningsgitarrist hittades, Sami Raatikainen, som är från Helsingfors, Finland. Sami spelar även i bandet Codeon.
2006 genomförde bandet en amerikansk turné kallad ”Carving North America’s Epitaph”. Necrophagist fick på denna turné sällskap av Arsis, Alarum, Neuraxis, Ion Dissonance, Cattle Decapitation och Thine Eyes Bleed. De, tillsammans med Dying Fetus, var förband till Cannibal Corpse på deras USA-turné på hösten, som även inkluderade några kanadensiska arenor.
År 2007 meddelade bandet på sin Myspace-profil att efter Metalfest i Kalifornien 2007 skulle trummisen Hannes Grossmann lämna bandet. Hannes uppgav att han inte kunde engagera sig i bandets turnéschema på heltid. Marco Minnemann (som har spelat med Paul Gilbert, Terry Bozzio, Chad Wackerman) blev den officiella permanenta ersättaren för Hannes.
Necrophagist var en av huvudattraktionerna på The Summer Slaughter Tour 2007, som innehöll ett stort antal andra extrema metalband, inklusive Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black och Cattle Decapitation.
I april 2008 meddelade Necrophagist att Romain Goulon skulle ansluta sig till bandet som ny trummis och ersätta Minnemann, som fortfarande skulle arbeta med Suiçmez på ett sidoprojekt.
Necrophagist spelade i ”Pillage the Village Tour” 2008 från den 26 augusti 2008 till den 10 september 2008 tillsammans med dödsmetallbanden Dying Fetus och Beneath the Massacre. Spelningar i vissa områden inkluderade även Carcass, Suffocation, 1349 och Aborted.
Under 2008 påbörjade Necrophagist arbetet med sitt nästa album med den nya trummisen Romain Goulon. Enligt rykten var två möjliga namn ”The Path to Naught” och ”Death to the Faithful”. Suiçmez uppgav att bandet skulle använda sig av sjusträngade gitarrer på albumet. Muhammed själv kommer att spela in med en ny custom shop Ibanez Xiphos-gitarr med 7 strängar samt 27 frets. Sami Raatikainen är nu en Ibanez Guitar endorser och använder en 7-strängad RG-Series-gitarr på scen.
2012-: HiatusEdit
Sedan 2012 är det okänt om Necrophagist fortfarande är aktiva, eller om de har planer på att släppa en uppföljare till Epitaph. Detta har lett till en stor mängd spekulationer från fans, förvirrade av albumets långa väntan. I ett uttalande i augusti 2012 uppgav dock den före detta trummisen Marco Minnemann att det faktiskt görs framsteg med ett nytt album, och sade: ”Jag vet att folk väntar på det nya Necro-albumet så hårt. Muhammed är en mycket nära vän till mig och jag vet att han verkligen är angelägen om att leverera ett så bra album som möjligt. Men jag vet personligen att det finns framsteg….hang på där inne, jag är säker på att han kommer att leverera varan.”
Den 11 september 2013 gjorde trummisen Romain Goulon ett uttalande om att Necrophagist fortfarande är aktiva och försöker spela in ett nytt album, det fanns dock ingen indikation på när det skulle släppas. Den 4 april 2016 svarade Goulon sedan på en kommentar på Facebook och uppgav ”Vi letar efter en kista för att sörja de döda”, vilket antyder att Necrophagist inte skulle gå vidare som band.