OntoBee AberOWL OLS NCBI

NCBITaxon-ontologin är en automatisk översättning av NCBI:s taxonomidatabas till obo/owl.

Översättningen behandlar varje taxon som en obo/owl-klass vars instanser (för de flesta grenar av ontologin) skulle vara enskilda organismer. Till exempel:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Översättningen återger troget allt innehåll i källdatabasen, även när detta strider mot OBO:s riktlinjer. Till exempel:

• Rotklassen kallas ”root”, snarare än något som ”organism”
• Pluralnamn används (både linneanska namn och vanliga namn). T.ex. ”däggdjur”
• Det kan ifrågasättas om vissa klasser är organismer – antingen biologiskt (”virus”) eller ontologiskt (”miljöprover”)
• Synonymer kan inkludera citationstecken som en del av texten

PURLs

PURLs för denna ontologi är:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (officiell purl för ontologin)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (version i obo-format)

PURL:erna ska kunna lösas upp i OntoBee. T.ex.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases av obo/owl sker när Continuous IntegrationJob är manuellt utlöst. För närvarande måste detta göras av en OBO-administratör. Det finns för närvarande ingen fast cykel och detta görs i allmänhet på begäran. Den grupp som informellt hanterar detta är:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Kontakta e-postlistan (se nedan) om du vill lämna synpunkter på detta.

Extensions

The GO använder en förlängning av NCBITaxon för gruppering. Se:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Denna ontologi innehåller nya klasser i namnområdet NCBITaxon_Union. Dessa klasser definieras alla med hjälp av unioner – till exempel Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

En av de viktigaste användningsområdena för NCBITaxon-ontologin är att definiera taxonbegränsningar i en ontologi med flera arter. För mer information, se:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalisering av taxonbaserade begränsningar för att upptäcka inkonsekvenser vid annotering och ontologiutveckling. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon constraints in OWL (blogginlägg)
• Taxon constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Notera att detta skiljer sig från andra OBO-ontologier genom att det är en översättning av en databas som tagits fram utanför OBO. Om du vill föreslå faktiska ändringar av taxonomin i databasen kan du kontakta NCBI.

NCBI:s personal är mycket lyhörd och hjälpsam, vilket detta inlägg från Bgee-teamet visar

Om du vill föreslå ändringar av översättningen kan du kontakta den som upprätthåller den eller e-postlistan ovan.

Citering av NCBITaxon-ontologin

För att citera frågar du dig själv vad den artefakt du vill citera är:

• N NCBI:s taxonomidatabas
• OBO/OWL-rendering av NCBI:s taxonomidatabas

Den senare är en ganska trivial översättning av den förra. Om du på något sätt citerar innehållet bör du citera databasen. För närvarande är den mest aktuella referensen:

• Federhen, Scott. The NCBI taxonomy database. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Om du specifikt vill citera OBO/OWL-översättningen använder du URL:en för denna sida