Gertner avgjorde i U.S. v. Hines, 55 F.Supp. 2d 62 (D.Mass. 1999), ett fall som rörde tillåtligheten av expertvittnesmål, att i) en handskriftsexpert kunde vittna om likheter mellan handskriftsprover men inte uttala sig om huruvida det var samma person som skrev de båda anteckningarna och att ii) expertvittnesmål om tillförlitligheten av ögonvittnesmål, inklusive problem med identifiering av personer av olika raser, var tillåtliga. I fallet tolkades nya tillåtlighetsnormer för expertutlåtanden som fastställts av Högsta domstolen i Daubert v. Merrell Dow Pharmaceuticals, 509 U.S. 579 (1993) och Kumho Tire Co. v. Carmichael, 526 U.S. 137 (1999).

Den 26 juli 2007 beordrade hon att den federala regeringen skulle betala ett rekordstort belopp på 101,7 miljoner dollar för att ha undanhållit bevismaterial som hade kunnat frikänna fyra män som felaktigt dömts för mord. Männen hade felaktigt anklagats av maffiamördaren Joseph ”The Animal” Barboza med hjälp av den korrumperade FBI-agenten H. Paul Rico. Regeringen överklagade domen, som 2009 bekräftades av U.S. Court of Appeals for the First Circuit.

Domare Gertner var ordförande i Sony BMG v. Tenenbaum, en civilrättslig rättegång där Recording Industry Association of America anklagade Joel Tenenbaum, en collegestudent från Massachusetts, för att illegalt ha laddat ner och delat filer och på så sätt ha brutit mot USA:s upphovsrättslagstiftning. I juli 2009 dömde en jury ut 675 000 dollar till musikföretagen, men domare Gertner sänkte senare utdelningen till 67 500 dollar med motiveringen att godtyckligt höga lagstadgade skadestånd strider mot rättssäkerheten och därmed är grundlagsstridiga. Efter att båda parter överklagat återinförde First Circuit Court of Appeals det ursprungliga skadeståndet på 675 000 dollar och återförvisade målet till distriktsdomstolen med motiveringen att domaren borde ha undvikit den konstitutionella frågan genom att först överväga remittitur. Högsta domstolen vägrade att pröva Tenenbaums överklagande som argumenterade mot återförvisningen. En ny domare i distriktsdomstolen fann därefter ingen anledning till remittitur och ansåg att det lagstadgade skadeståndet var konstitutionellt. Tenenbaum överklagade återigen till First Circuit, som i juni 2013 bekräftade skadeståndet.

Som försvarsadvokat försvarade hon Brandeis University-studenten och rymlingen Susan Saxe, som stulit pengar för att finansiera studentstrejkerna under Vietnamtiden. Gertner beskriver Saxe-rättegången som hennes första stora fall.

Sean Hannity, Rush Limbaugh, Alan Dershowitz och andra har hävdat att Robert Mueller var ansvarig för att fyra män fängslades på ett otillbörligt sätt när han var federal åklagare i Boston under 1980-talet. I en debattartikel med titeln ”Smearing Robert Mueller” skrev Gertner, som var ordförande i ärendet, att ”det finns helt enkelt inget stöd för dessa påståenden”.