Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, tidigare Not Another Molecular Dynamics Program) är en datorprogramvara för molekyldynamiksimulering, skriven med hjälp av den parallella programmeringsmodellen Charm++. Den är känd för sin parallella effektivitet och används ofta för att simulera stora system (miljontals atomer). Den har utvecklats i samarbete mellan Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) och Parallel Programming Laboratory (PPL) vid University of Illinois at Urbana-Champaign.

Nanoscale Molecular Dynamics

Utvecklare(n)

University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)

Initial release

1995; 26 år sedan

Stable release

Repositorium

Skrivet i

C++

Brukersystem

Tvärplattformsoberoende: Windows, Linux, macOS, Unix

Plattform

x86, x86-64

Tillgänglig på

English

Typ

Molekylär dynamiksimulering

Licens

Proprietärt, gratisprogram för icke-kommersiell användning

Webbplats

www.ks.uiuc.edu/Research/namd

Den introducerades 1995 av Nelson et al. som en parallell molekyldynamikkod som möjliggör interaktiv simulering genom att länkas till visualiseringskoden VMD. NAMD har sedan dess mognat, lagt till många funktioner och skalats över 500 000 processorkärnor.

NAMD har ett gränssnitt till kvantkemipaketen ORCA och MOPAC, samt ett skriptgränssnitt till många andra kvantpaket. Tillsammans med Visual Molecular Dynamics (VMD) och QwikMD ger NAMD:s gränssnitt tillgång till hybrida QM/MM-simuleringar i en integrerad, omfattande, anpassningsbar och lättanvänd svit.

NAMD är tillgänglig som gratisprogram för icke-kommersiell användning av privatpersoner, akademiska institutioner och företag för intern affärsanvändning.