Och även om majoriteten av låtarna på My Brain Hurts skrevs av Weasel, precis som materialet på bandets tidigare album, började han samarbeta mer med Vapid och mindre med Jughead. Den enda låten på albumet som anger Jughead som medskribent är ”Fathead”, vars originalversion tidigare fanns med på EP:n Punkhouse. I efterhand skulle Weasel kalla Vapid för ”den enda person som jag kände mig bekväm med att skriva låtar med.”
Gitarrledaren till ”Guest List” skrevs ursprungligen av Vapid för en Sludgeworth-låt, men den ”fungerade helt enkelt inte”, medan refrängen ”poppade upp i mitt huvud” när han körde genom Roscoe Village i North Center, Chicago strax innan bandet skulle spela in albumet. Under en resa till Olympia, Washington, visade Vapid vad han hade skrivit för Weasel, som kombinerade lead- och refrängidén till en låt. Weasel förde också upp blyet en oktav, vilket enligt uppgift var ett ”hattip till lokalhjältarna Naked Raygun”. Weasel skrev de flesta av texterna till låten, men sa att ”’Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ var en replik som bara kunde ha kommit från Vapid.”
Enligt Vapid började ”Veronica Hates Me” som en lek med Material Issue-låten ”Valerie Loves Me”. ”På den tiden antar jag att vi hyste illvilja mot deras sångare, Jim Ellison, för att han lurade oss på en spelning som han marknadsförde”, uppgav Vapid. När Weasel skrev låten sa han att han ”försökte ta standardackorden som användes i gammal rock ’n’ roll och som uppdaterades av Ramones och vrida runt dem lite grann”. Weasel uppgav att när han började skriva låten gjorde han en regel att han inte skulle ”gå utanför de fyra standardackord som används i den stilen av låtar”. ”I pausen använde jag ett traditionellt arrangemang för att ge lyssnaren vad jag antog vad de skulle vilja ha efter att jag hade hållit ut under större delen av låten”, sade han. Trots att låten inte skrevs tillsammans med Vapid sa Weasel att han skrev låten ”med honom i åtanke” och förklarade att ”några av mina bästa låtar från den här tiden kom enbart ur min önskan att skriva låtar som skulle imponera på honom.”
Weasel har uppgett att han ”hade en jäkla kul grej med att arrangera ’I Can See Clearly'”, och erkände att ”det var första gången jag gjorde ett anständigt arrangemang av någon annans låt och jag var väldigt nöjd med resultatet”. Gruppens arrangemang innehöll dock inte bryggan från originalet. ”Vår version motiverade inte riktigt en brygga, så jag ersatte den med den inledande gitarrledningen, som sedan övergick till en melodisk ledning för de sista fyra takterna”, sade Weasel.
”The Science of Myth” var delvis inspirerad av PBS-dokumentären Joseph Campbell and the Power of Myth från 1988. Weasel uppgav att han ”blev intresserad av tillämpningen av andliga trosuppfattningar” efter att ha sett den och försökte skriva och arrangera låten i en stil ”som gynnas av den typ av punkband som typiskt sett skulle skriva antireligiösa låtar”. Han inspirerades också av The Mr. T Experience-låten ”The History of the Concept of the Soul” och sade att han ”ville försöka göra något liknande genom att skriva vad som skulle se ut som Cliff’s Notes-versionen av en essä och få det att flyta i stället för att skriva det på samma sätt som en konventionell rocktext”. Ursprungligen diskuterade Weasel att inte ta med låten på albumet, då han sa att den verkade ”lite malplacerad”, men bestämde sig senare för att ta med den efter att den spelats in.