Mr Sub grundades i Toronto, Kanada, 1968 av två vänner, Jack Levinson, en bokförare, och Earl Linzon, en gymnastiklärare, med ett startkapital på 1 500 dollar. Grundarna ville sälja kvalitetsmat, servera den snabbt, göra den färsk och framför allt ge kunderna valuta för pengarna.

Den första Mr Sub-restaurangen, som då hette Mr Submarine, öppnade på 130 Yorkville Avenue, på bottenvåningen i ett ombyggt viktorianskt radhus. Efter en positiv respons öppnade de två grundarna en andra restaurang fem månader senare.

1972 sålde Mr Submarine sin första franchise och blev officiellt Mr Sub 1990.

Efter mitten av 1990-talet gick Mr Sub på nedgång på grund av införandet av Subway-franchisen i Kanada. År 2005 spekulerades det om att Michael Bregman, den tidigare ägaren till kaffekedjan Second Cup, övervägde att köpa kedjan. Andra namn som har nämnts som möjliga köpare är Swiss Chalets moderbolag Cara Operations och KFC-operatören Priszm Canadian Income Fund. Donutkedjan Country Style var kortvarigt intresserad av MR.SUB 2005.

Den 18 augusti 2011 meddelade MTY Food Group, som då ägde Country Style, att man skulle förvärva Mr. Sub i slutet av oktober 2011 för 23 miljoner dollar.

Mr. Sub var ursprungligen den enda större franchisetagaren av smörgåsar med submarinmackor i Kanada, fram till ankomsten av amerikanska kedjor som Subway. Företaget möter nu hård konkurrens från flera snabbservicemärken, som överlever i småstäder och på landsbygden, och vanliga hämtställen som alltid har serverat smörgåsar.