Milton Obote, i sin helhet Apollo Milton Obote, (född 28 december 1924 i byn Akoroko, Lango, Uganda – död 10 oktober 2005 i Johannesburg, Sydafrika), politiker som var premiärminister (1962-1970) och två gånger president (1966-1971, 1980-1985) i Uganda. Han ledde sitt land till självständighet 1962, men hans två mandatperioder (som båda avslutades genom militärkupper) uppslukades av strider mellan Ugandas norra och södra etniska grupper.

Obote föddes som tredje av nio barn i en jordbrukarfamilj i norra centrala Uganda. Han gick först på Busoga College i Mwiri och sedan på Makerere College i Kampala 1948-1949, men han uteslöts från det sistnämnda på grund av sin politiska verksamhet innan han hann ta examen. Den brittiska kolonialregeringen hindrade honom från att ta emot stipendier för att studera i USA och Västtyskland, och 1950 reste Obote till Kenya. Där, medan han arbetade som arbetare, kontorist och försäljare, engagerade han sig i självständighetsrörelsen och gick med i Kenya African Union.

Obote återvände till Uganda 1957 och blev medlem i Uganda National Congress Party. År 1958 valdes han till representant för sitt hemdistrikt i det lagstiftande rådet, där han, trots att han var en av få afrikanska delegater, inte tvekade att kritisera den brittiska regeringen. När Nationalkongresspartiet splittrades bildade han Uganda People’s Congress (UPC), som främst fick sitt stöd från folken Acholi och Lango i norr. UPC:s huvudsakliga politiska inriktning var opposition mot det mäktiga sydliga kungadömet Buganda under kung Mutesa II. Efter att ha blivit premiärminister 1962 accepterade Obote en konstitution som gav fem traditionella kungadömen, däribland Buganda, federal status inom Uganda. Han kunde därmed bilda en regeringskoalition bestående av sitt UPC och Bugandas parti Kabaka Yekka (”King Alone”). År 1963 valdes Mutesa med Obotes uppmuntran till presidentposten (som till stor del var ceremoniell).

År 1966 nådde dock konflikten mellan Obote och Buganda sin spets. Obote skickade trupper ledda av Idi Amin, en officer från ett nordligt distrikt, för att attackera Mutesas palats, och Mutesa flydde till Storbritannien. I ett försök att befästa sitt styre införde Obote en ny konstitution som avskaffade alla kungadömen och andra rester av federalism i landet. Den nya konstitutionen införde också ett verkställande presidentämbete, som Obote tog på sig samtidigt som han fortsatte att tjänstgöra som premiärminister. Men Obotes ökande beroende av militären och polisen för att terrorisera sina politiska motståndare väckte agg hos södra Ugandaborna, och det gjorde det möjligt för Amin att bygga upp ett följe baserat på rekryter från sitt eget kakwa-folk. I början av 1971 störtades Obote i en kupp ledd av Amin.

Obote bosatte sig i grannlandet Tanzania, där han upprätthöll en liten emigrantarmé under generalskap av Tito Okello, en acholi. Denna armé hjälpte tanzaniska styrkor att avsätta Amin 1979, och Okello kunde säkra Obotes val till president efter Obotes återkomst från exil i maj 1980. Som president bad Obote om utländskt bistånd i ett försök att få Ugandas ekonomi att återhämta sig från ruinen under Amin-åren, men han gjorde ingenting för att hindra acholi- och langosoldater från att bedriva en kampanj av mord och plundring i söder och i Amins hemdistrikt. År 1985 tvingades Obote bort från sitt ämbete av Okello. Han bosatte sig så småningom i Zambia men fortsatte att spela en aktiv roll i UPC fram till sin död 2005.