De första misstankarna föll på Edwin Decker, som hade ett kortvarigt romantiskt möte med Michelle två nätter innan hennes kropp hittades. Misstankarna riktades mot Decker efter att han skrivit en mystisk, morbid dikt om Michelle efter hennes död.

En annan potentiell misstänkt avslöjades när en medarbetare i en kontorsbutik där Michelle tidigare hade arbetat såg en man göra flera kopior av den ursprungliga obduktionsrapporten strax efter att utredningen avslutats. Medarbetaren hävdade att mannen hade en motorcykel. Denna sista misstänkta teori knyter an till en stalker på arbetsplatsen som Michelle en gång klagade över och som också ägde en motorcykel.

Det faktum att hennes kläder aldrig hittades och att hennes handväska, med pengar och andra saker intakta, hittades på ett uppenbart ställe inte långt därifrån, bidrar ytterligare till spekulationerna om ett möjligt mordscenario.

På uppmaning av Edwin Decker och journalisten Neal Matthews granskades Michelles obduktionsrapport 2008 av den nya chefsöverläkaren Glen Wagner som enligt en artikel av Decker drog slutsatsen att det tycktes finnas en del tveksamma bevis, men inte tillräckligt för att rättfärdiga en ändring av hennes dödsattest.

Michelles fall profilerades på Buzzfeed Unsolved, en mysterieserie på YouTube som går igenom detaljerna i hennes fall. Värdarna Ryan Bergara och Shane Madej noterade misstänkta detaljer i Michelles obduktion och utvecklade tre huvudteorier för Michelles död: 1. Att Michelle verkligen attackerades av en haj, 2. att Michelle hoppade och senare matades av hajar, eller 3. att Michelle mördades, kanske av ett avvisat kärleksintresse eller av en icke namngiven förföljare.

Men även om den rådande uppfattningen är att von Emster blev utsatt för en hajattack, hade myndigheterna på plats aldrig tidigare undersökt ett dödsfall genom hajattack, och var därför kanske inte kvalificerade för att uttala sig om dödsorsaken. När experterna senare fick se kroppen hävdade vissa dessutom att skadorna inte stämde överens med måtten på en vithaj. Officiellt är fallet avslutat, men fallet med Michelle von Emsters död förblir ett mysterium för dem som inte håller med om den officiella dödsorsaken: en vithajattack.

För närvarande erkänner Global Shark Attack File inte von Emsters händelse som en hajattack med dödlig utgång.