Född som Marpa Chökyi Lodrö i Lhodrak Chukhyer i södra Tibet i en välbärgad familj började han studera i unga år men var vild och otämjd jämfört med andra barn. Marpa fick först undervisning i tre år i Mangkhar hos Drokmi Shakya Yeshe och behärskade sanskrit. Han bestämde sig för att resa till Indien för att studera med kända indiska buddhistiska mästare. Hans första resa till Nepal och Indien skedde i sällskap med Nyo Lōtsawa, som han följde som tjänare. Marpa återvände hem till Lhodrak och omvandlade hela sitt arv till guld för att finansiera sina resekostnader och göra offergåvor till lärarna.
Marpa reste först till Nepal där han studerade med Paindapa och Chitherpa, två berömda elever till Naropa. Paindapa följde senare med Marpa till Pullahari, nära Nalandauniversitetet, där Naropa undervisade. Marpa tillbringade tolv år med att studera med Naropa och andra stora indiska gurus, främst Maitripada. Efter tolv år begav han sig tillbaka till Tibet för att undervisa och fortsätta sin dharmaverksamhet.
Marpa skulle resa till Indien ytterligare två gånger och till Nepal ytterligare tre gånger och studerade där med Naropa och andra stora läromästare, däribland Maitripa. Han sägs ha bott i grottan vid Phugtalklostret. Vid sitt tredje besök i Indien visade sig Naropa, som ägnade sig åt tantriska praktiker, vara svår att hitta. Så småningom hittade dock Marpa honom och fick de sista lärorna och instruktionerna från Naropa. Det var då som Naropa profeterade att en familjelinje inte skulle fortsätta för Marpa, men att hans linje skulle föras vidare av hans lärjungar. Marpa hade nu fått den fullständiga överföringen, så Naropa förklarade formellt att Marpa var hans efterträdare även om han hade andra viktiga lärjungar, däribland Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra eller Kukuripa och Maitripa.
När han återvände till Tibet tillbringade Marpa många år med att översätta buddhistiska skrifter och bidrog i hög grad till överföringen av den fullständiga buddhadharma till Tibet. Marpa fortsatte att praktisera och ge undervisning och överföringar till många elever i Tibet. Efter sitt andra besök i Indien blev Milarepa hans lärjunge. Efter att Marpas son Darma Dode hade dött ärvde Milarepa hans släktlinje i sin helhet. Marpa bodde med sin hustru Dakmema och deras söner i Lhodrak i södra Tibet. Marpa sägs ha grundat Stongdey-klostret i Zanskar år 1052 e.Kr.
.