Mariinskijbaletten grundades på 1740-talet, efter att den första ryska dansskolan bildats 1738.

Den kejserliga teaterskolan, som den ursprungligen hette, grundades den 4 maj 1738 i Vinterpalatset i Sankt Petersburg. Den skulle bli föregångare till dagens Vaganova Ballet Academy. Skolans grundande direktör var den franske balettmästaren och läraren Jean-Baptiste Landé och syftet med att skapa skolan var att utbilda unga dansare för att bilda det första ryska balettkompaniet. Den första gruppen elever bestod av tolv pojkar och tolv flickor, som senare fortsatte att bilda det som skulle bli föregångaren till dagens Mariinskijbalett.

Det finns mycket lite information från balettkompaniets formativa år, men man vet att både skolan och balettkompaniet kopplades samman genom namnet, som blev Imperial Ballet School och Imperial Russian Ballet, namn som fortsatte att användas fram till avskaffandet av det kejserliga styret. I slutet av 1700-talet och början av 1800-talet blev den kejserliga ryska baletten snabbt framstående och kom att anställa några av de mest inflytelserika och kända namnen i baletthistorien, däribland Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito och Carlotta Grisi.

Som Imperial Russian Ballet är kompaniet mest känt för att ha uruppfört många baletter av den berömde koreografen Marius Petipa. Han skapade många av sina mest kända verk under sin tid som balettmästare och chef för kompaniet i mitten och slutet av 1800-talet. Ett antal av hans baletter utgör numera grunden för den traditionella klassiska balettrepertoaren, som framförs av balettkompanier runt om i världen, och som ofta behåller en stor del av Petipas koreografi. Bland dessa baletter finns de ursprungliga produktionerna av Nötknäpparen, Törnrosa, Don Quijote, La Bayadère och Raymonda samt populära återupplivningar av äldre baletter, bland annat Coppélia, Giselle och Le Corsaire. Petipas återupplivning av baletten Svansjön är kanske hans mest kända verk för kompaniet. Svansjön, som ursprungligen koreograferades av Julius Reisinger för Bolsjojteatern 1877, var till en början ett kritiskt och kommersiellt misslyckande. Petipa försökte återuppliva baletten med Pjotr Iljitj Tjajkovskijs välsignelse, men kompositören dog innan den nya baletten skapades. Petipa samarbetade därför med sin bror Modest Tjajkovskij, som reviderade historien avsevärt och skrev om librettot till den version som nu brukar framföras. Uppsättningen koreograferades av Petipa och hans medarbetare Lev Ivanov. Petipa/Ivanov/Tchaikovsky-uppsättningen av Svansjön, som hade premiär på Mariinskijteatern 1895, blev en stor framgång och anses nu vara den mest kända baletten genom tiderna. Nästan alla efterföljande produktioner av Svansjön är baserade på denna produktion från 1895.

Efter den ryska revolutionen bestämde sig den sovjetiska regeringen för att balettskolan och balettkompaniet var oönskade symboler för den tsaristiska regimen och stängde dem båda. Balettkompaniet var det första som återupprättades och blev känt som Soviet Ballet, och skolan återöppnade senare som Leningrad State Choreographic School, båda kvarstod på sina tidigare platser.

Efter mordet på den framstående sovjetiska figuren Sergej Kirov 1934 döptes Soviet Ballet om till Kirov Ballet, ett namn som fortfarande ibland används felaktigt. Efter det kommunistiska styrets slut döptes balettkompaniet och operakompaniet om efter teatern och blev Mariinskijbaletten och Mariinskijoperan. Båda kompanierna drivs nu av teatern själv.

Trots alla dessa förändringar är dagens Mariinskijbalett fortfarande kopplad till skolan, som numera är Vaganova Ballet Academy.