1289 misshandlade den javanesiske kungen Kertanagara Kublai Khans sändebud, som hade skickats för att kräva kungens underkastelse. Den mongoliske kejsaren organiserade en straffexpedition 1292, men Kertanagara dödades av en kadiri-rebell, Jayakatwang, innan inkräktarna gick i land. Jayakatwang i sin tur störtades snabbt av Kertanagaras svärson, senare känd som Kertarajasa, som utnyttjade mongolerna till sin egen fördel och sedan tvingade dem att dra sig tillbaka i förvirring. Rikets huvudstad flyttades till Majapahit. Under några år var den nya härskaren och hans son, som betraktade sig själva som Kertanagaras efterföljare, tvungna att undertrycka uppror på Java; inte förrän 1319 var Majapahits auktoritet fast etablerad på Java med hjälp av den berömde soldaten Gajah Mada. Gajah Mada var statschef under Kertanagaras dotter Tribhuvanas regeringstid (ca 1328-50), och under dessa år återupprättades det javanesiska inflytandet på Bali, Sumatra och Borneo. Kertanagaras barnbarns son, Hayam Wuruk, blev kung 1350 under namnet Rajasanagara.

Hayam Wuruks regeringstid (1350-89) är ihågkommen i övärlden som den mest ärofyllda perioden i den javanesiska historien. Prapanchas dikt Nagarakertagama ger en sällsynt inblick i riket ur 1300-talets synvinkel. Dikten, som ursprungligen kallades Desa warnana (”Beskrivningen av landet”), beskriver sig själv som ett ”litterärt tempel” och försöker visa hur kunglig gudomlighet genomsyrar världen, renar den från orenheter och gör det möjligt för alla att uppfylla sina förpliktelser gentemot gudarna och därmed gentemot det heliga landet – det nu odelade kungariket Java. Dikten liknar snarare en gudstjänst än en krönika. Poeten döljer inte sin avsikt att vörda kungen, och i den javanesiska poesitraditionen kan han ha påbörjat dikten under stimulans av en from meditation som syftade till att föra honom i kontakt med den gudomlighet som förkroppsligades i kungen.

Kärnterritorierna för Hayam Wuruks styre var förmodligen betydligt mer omfattande än hans föregångares. Viktiga territoriella härskare, som var bundna till kungafamiljen genom äktenskap, ställdes under övervakning genom att de införlivades i hovförvaltningen. Även om ett nätverk av kungliga religiösa stiftelser var centrerat i huvudstaden är det fortfarande oklart om en mer centraliserad och varaktig regeringsstruktur infördes eller om rikets enhet och härskarens auktoritet fortfarande berodde på härskarens personliga prestige. Prapancha tillskrev åtminstone inte Hayam Wuruk en orealistisk grad av auktoritet, även om hans dikt är en ohöljd representation av den kungliga gudomlighetens attribut och effekterna av det gudomliga styret på Java. Under sina resor runt om i riket hävdade underordnade tjänstemän sin kungliga auktoritet i sådana frågor som skatter och kontroll av religiösa stiftelser. Ett tecken på kungens prestige var hans beslut att genomföra en lantmäteriundersökning för att försäkra sig om att hans undersåtars privilegier upprätthölls. I avsaknad av ett genomarbetat förvaltningssystem stärktes regeringens auktoritet genom att dess representanter var allestädes närvarande, och ingen föregick med ett mer energiskt exempel än kungen själv. Enligt Prapancha var ”prinsen inte länge i det kungliga residenset”, och en stor del av dikten är en redogörelse för kungliga framsteg. På detta sätt kunde Hayam Wuruk hävda sitt inflytande i oroliga områden, tvinga fram hyllningar från territoriella herrar, lugna de äldsta i byarna genom sina besök, kontrollera markrättigheter, samla in tribut, besöka heliga män på landsbygden för att få sin egen andliga upplysning och tillbedja vid mahayana-, shaivitiska och gamla javanesiska heliga platser. Hans outtröttliga resande, åtminstone under de första åren av hans regeringstid, innebar att många av hans undersåtar hade möjlighet att komma i närvaro av en person som de betraktade som mottagare av gudomlighet.

Ett av de mest intressanta avsnitten i Nagarakertagama handlar om den årliga nyårsceremonin, då kungens renande krafter förstärktes genom administrering av heligt vatten. Ceremonin, där lärda indiska besökare deltog, gjorde det möjligt för poeten att hävda att de enda berömda länderna var Java och Indien eftersom båda innehöll många religiösa experter. Vid ingen tidpunkt under året erkändes kungens religiösa roll mer eftertryckligt än vid nyåret, då rikets notabla personer, vasallernas sändebud och byledarna begav sig till Majapahit för att hylla och påminnas om sina plikter. Ceremonin avslutades med tal till besökarna om behovet av att bevara freden och underhålla risfälten. Kungen förklarade att det var först när huvudstaden stöddes av landsbygden som den var säker mot angrepp från ”främmande öar.”

Då dikten vördar kungen är det inte förvånande att mer än 80 platser i skärgården beskrivs som vasallterritorier och att kungadömena på fastlandet, med undantag för Vietnam, sägs vara skyddade av kungen. Prapancha, som trodde att kungens ära sträckte sig i alla riktningar, beskrev i detalj vad han uppfattade som gränserna för det relevanta utrymmet. Inte mindre än 25 platser på Sumatra nämns, och Moluckerna, vars kryddor och andra produkter var en källa till kunglig rikedom, är väl representerade. Å andra sidan nämns inte norra Celebes (Sulawesi) och Filippinerna.

Under Hayam Wuruks livstid var den javanesiska prestigen i utlandet otvivelaktigt avsevärd, även om kungen inte krävde mer än hyllning och tribut från sina viktigare vasaller, såsom härskaren av Malayu i Sumatra. När en ny Malayu-härskare 1377 vågade söka investitur från Mingdynastins grundare i Kina, övertygade Hayam Wuruks sändebud i Nanking kejsaren om att Malayu inte var ett självständigt land. Det javanesiska inflytandet i skärgården var dock beroende av härskarens auktoritet på själva Java. När Hayam Wuruk dog 1389 såg härskaren i Palembang i sydöstra Sumatra ett tillfälle att avsäga sig sin vasallstatus. Han hade noterat Mingdynastins återupprättande av det sedan länge övergivna tributära handelssystemet och dess förbud mot kinesiska resor till Sydostasien och antog att utländska handelsmän återigen skulle behöva den typ av entrepôtfaciliteter i västra Indonesien som Srivijaya-Palembang hade tillhandahållit århundraden tidigare. Han kan till och med ha tillkännagivit sig själv som en bodhisattva och arvtagare till maharadjanerna i Srivijaya. Javanerna fördrev honom från Palembang och han flydde till Singapore och sedan till Malacka på den malaysiska halvön.