För att identifiera de gener och genfunktioner som ligger till grund för viktiga aspekter av baljväxternas biologi har forskarna valt den svala baljväxten Medicago truncatula som ett modellsystem för forskning om baljväxter. M. truncatula-konsortiet har till uppgift att främja obegränsad delning av data och information som tillhandahålls av Medicago-forskargrupper över hela världen. Genom att integrera en mängd olika data och verktyg avser webbplatsen medicago.org att underlätta framsteg inom strukturell, jämförande och funktionell genomik. För att uppnå detta mål har Center for Computational Genomics and Bioinformatics (CCGB) vid University of Minnesota i egenskap av konsortiepartner utvecklat MtDB2.0, M. truncatula-databasen version 2.0. MtDB2.0-databasen är det första steget mot en global integrering av genomisk, genetisk och biologisk information om M. truncatula. MtDB2.0 är en relationsdatabas som integrerar transkriptomdata från M. truncatula och erbjuder ett stort antal användardefinierade alternativ för datautvinning. Databasen förfrågas genom en rad gränssnitt, med 58 alternativ grupperade i två filter. Sekvensidentifierare från alla offentliga M. truncatula-platser har fullständiga korsreferenser för att underlätta jämförelser mellan olika platser, och hypertextlänkar till lämpliga databasposter tillhandahålls för alla sökresultat. MtDB:s mål är att ge forskare möjlighet att snabbt och oberoende identifiera sekvenser som motsvarar specifika forskningsintressen utifrån användardefinierade kriterier. MtDB2.0 erbjuder obegränsad tillgång till avancerade och kraftfulla sökverktyg som saknar motstycke i andra offentliga databaser. De SQL-kodade frågorna (Structurad Query Language) med ett Java-baserat webbgränssnitt innehåller olika filtreringar som möjliggör sofistikerad datautvinning av resultaten från sekvenseringsprojektet för uttryckta sekvensmärken, inklusive CCGB:s M. truncatula Unigene-uppsättning som genererats med Phrap-assembler. Den underliggande databasen och programvaran för frågor har utformats för att underlätta uppdateringar och överförbarhet till andra modellorganismer. Allmän tillgång till databasen finns på http://www.medicago.org/MtDB.

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras.