John Cotton, (född 4 december 1585 i Derby, Derbyshire, England – död 23 december 1652 i Boston, Mass. ), inflytelserik nyengländsk puritansk ledare som huvudsakligen fungerade som ”lärare” i Bostons första kyrka (1633-52) efter att ha flytt från den engelska kyrkans förföljelse av nonkonformister.
Cotton fick sin utbildning vid Trinity College i Cambridge och blev kyrkoherde i församlingskyrkan St Botolph’s i Boston, Lincolnshire, år 1612 och stannade på den posten i 21 år. Under denna tid blev han gradvis mer puritansk i sin åskådning, och han upphörde att iaktta vissa anglikanska religiösa ritualer i sin tjänsteutövning. År 1632 vidtogs rättsliga åtgärder mot honom på grund av hans nonkonformism, och i juli 1633 emigrerade han till Massachusetts Bay-kolonin, där han blev ”lärare” i Bostons första kyrka och stannade där till sin död. Hans popularitet i kolonin var obegränsad, och hans inflytande i både civila och kyrkliga angelägenheter var förmodligen större än någon annan präst i det teokratiska New England.
Cotton skrev flera verk som utgör en ovärderlig redogörelse för kongregationalismen i New England, bland annat The Way of the Churches of Christ in New England (1645) och The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Den katekes han skrev, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646), användes under många år i New England för religiös undervisning av barn.