Om HMS LINCS Center

Harvard Medical School (HMS) LINCS Center finansieras av NIH-bidrag U54 HL127365 och är en del av NIH:s program Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). De övergripande målen för detta program är att samla in och sprida data och analysverktyg som behövs för att förstå hur mänskliga celler reagerar på störningar av läkemedel, miljö och mutation. Ytterligare information om LINCS och andra deltagande centra finns på programmets webbplats.

HMS LINCS Center syftar till att upptäcka grundläggande principer för cellulär respons på störningar, inklusive förhållandet mellan dos och respons, ursprunget och betydelsen av cell-till-cell-variation och den molekylära grunden för läkemedelskänslighet och -resistens. Data som genereras vid HMS omfattar multiplexa biokemiska, proteomiska och avbildningsanalyser för vilka spridningsstandarderna är dåligt utvecklade. Att förbättra dessa och frigöra alla data, algoritmer och slutsatser från våra anteckningsböcker och papper är ett viktigt mål för centret. Centret utvecklar också nya algoritmer för storskalig analys av komplexa datamängder om störningsrespons, vilka är tillgängliga genom anpassade projektsammanfattningssidor. Vi publicerar vanligtvis minst en biologisk analys av varje dataset, men dessa artiklar beskriver endast en av många användningsområden för data. Vi uppmuntrar användarna att utforska primärdata utifrån sina egna idéer och algoritmer.

Assays

Vi fokuserar på biokemiska och cellbaserade analyser av (i) små molekylära kinashämmare, en ledande klass av terapeutiska medel för behandling av cancer, autoimmuna sjukdomar och andra sjukdomar, (ii) epigenommodifierare, t.ex. bromodomain- och HDAC-hämmare, och (iii) naturligt förekommande ligander, t.ex. tillväxtfaktorer och inflammatoriska cytokiner. Sammantaget profilerar vi svaren hos ~100 cellinjer och primära celltyper på ~400 störande ämnen över dos och tid.

Tillgång till data, algoritmer och verktyg

HMS LINCS ger allmänheten snabb tillgång till alla relevanta data och programvaror i enlighet med policyn för datautlämning i NIH:s LINCS-program. Både enkel nedladdning och programtillgång stöds.

Datautforskning och användningsområden: Sammanfattnings- och utforskningssidor för HMS LINCS-publikationer innehåller beskrivningar av viktiga resultat, länkar till relevanta dataset i HMS LINCS-databasen och anpassade verktyg för datavisualisering. Dessa och andra verktyg finns tillgängliga via vår programvarusida.

Dataåtkomst: Alla offentligt utgivna HMS LINCS-dataset och metadata om reagens är tillgängliga via HMS LINCS-databasen, där sökfunktioner gör det möjligt att söka efter specifika dataset och reagens (t.ex. efter celltyp eller perturbagen). Dessa sök- och nedladdningsfunktioner förbättras aktivt och vi uppmanar användare att skicka feedback till lincs-feedback hms.harvard.edu.

.