Malcolm X steg snabbt inom Nation of Islam, en religiös organisation som leddes av Elijah Muhammad. Han reste runt i landet som präst och talesman, etablerade nya moskéer och tog itu med civila oroligheter med sin karakteristiska passion och sitt välartikulerade uttryck, vilket lockade rekordmånga nya konvertiter. Under denna period i sitt liv gifte han sig 1958 med Betty X (tidigare Sanders) i Lansing, Mich. 1958.
Trots att hans budskap betraktades som radikalt och hetsigt förespråkade han aktivt moralisk, mental och andlig renhet som ett medel för att befria sitt folk från förtryck.
När Malcolm X upptäckte att Elijah Muhammad i hemlighet hade affärer med kvinnliga anhängare och att han hade blivit far till flera barn, blev han besviken på Islamiska nationens ledare.
Malcolm X, som var förkrossad av hyckleriet, lämnade NOI och bildade sin egen organisation, Muslim Mosque, Inc. i mars 1964. Samma år gjorde han en religiös pilgrimsresa till Mecka; resan hade en djupgående effekt på aktivisten och fick honom att ändra sitt namn till el-Hajj Malik el-Shabazz och omvärdera sin tro.
Han skrev i ett brev: Han skrev i ett brev: ”De frågade mig vad det var som hade gjort störst intryck på mig när det gällde Hajj. … Jag svarade: ’Brödraskapet! Människor av alla raser, hudfärger, från hela världen som kommer samman som en! Det har bevisat för mig den ende Gudens makt. … Alla åt som en och sov som en. Allting i pilgrimsfärdens atmosfär accentuerade människans enhet under en enda Gud.”