Tysklands nordligaste stad ser tillbaka på mer än 700 år av tysk-dansk historia, varav en del var ganska färgstarka. Den har regerats av danskarna i mer än 400 år, är fortfarande en port till de skandinaviska länderna och är med sina 88 000 invånare Schleswig-Holsteins tredje största stad.
Regionen kring Flensburg var redan tidigt attraktiv för nybyggare. Det första samhället av danska fiskare byggde en liten handelsby runt Johannis kyrka vid den skyddade änden av Flensburgs Firth före 1200. Två viktiga trafikleder möttes här, varav den viktigaste var förbindelsen mellan norr och söder där motorvägen A7 nu finns. När prins Abel regerade över regionen närmade sig Flensburg Hansan och fick Lübeck, Stralsund och Wismar som handelspartner. Staden fick stadsförordningar och privilegier redan den 29 december 1284. Det var ungefär då som områdena kring Nordermarkt med St.Marys och Südermarkt med St.Nikolai´s blev allt viktigare. De var centrum för en stad som snabbt växte från en före detta fiskeby till en handelsstad. Även dagens Kloster zum Heiligen Geist fanns redan på den tiden – det var tidigare ett franciskanerkloster.
1411 lät kung Erich bygga Duburg till sitt skydd, och 1443 byggdes stadshuset. År 1460 blev Christian I av Danmark hertig av Slesvig och greve av Holstein. På den tiden upplevde Flensburg en betydande ekonomisk tillväxt och hade utvecklats till en av de viktigaste handelsstäderna i det danska kungadömet. Den bestod nästan uteslutande av milen längs Holm-Groe Strae-Norderstrae. Köpmännen bodde i långa och smala hus i de östra kvarteren som vetter mot sundet, medan hantverkarna bodde på andra sidan. Många av de vackra köpmännens lagerhus kan fortfarande ses i dag. De används som lägenheter och ibland finns små företag i deras källare.
På 1500-talet blev Flensburg med sina 200 fartyg den viktigaste danska handelsstaden inom Östersjöområdet. År 1525 nådde reformationen staden och 1544 införde kung Christian III myntlagar. År 1566 började undervisningen vid det gamla gymnasiet (latinskola) och 1595 byggdes Schrangen och Nordertor. Toret användes för att markera stadens norra gränser i 200 år. Omkring 1600 hade Flensburg cirka 6 000 invånare och 1602 uppfördes Kompagnietor. Förutom stadens ekonomi blomstrade konst, litteratur och vetenskap tills trettioåriga kriget (1618-48) och nordiska kriget (1700-21) förstörde allt välstånd under lång tid.
Mot slutet av 1700-talet återhämtade sig dock sjöfart, skeppsbyggeri, handelsförbindelser och hantverk och växte sig mycket starkare. Förutom att ha Norge och Medelhavet som handelspartner blev romhandeln med Västindien en avgörande ekonomisk faktor. Flensburg har sin berömmelse som < i>Rumstad att tacka för den här tiden. Museet för sjöfart och romhandel har några mycket intressanta dokument från den här tiden utställda. Omkring 300 fartyg från Flensburg seglade på haven då, och raffinaderier, oljekvarnar, tvål- och tobaksfabriker och mer än 200 destillerier etablerades för att bearbeta importerade och lokala produkter. Den första lokala tidningen publicerades 1766, och mellan 1852 och 1856 byggdes den Südschleswigsche järnväg som förbinder Flensburg, Husum och Tönning. Den var tänkt att bli en konkurrent till Nord-Ostsee-kanalen, men det blev aldrig av. År 1886 togs den första preussiska smalspåriga järnvägen i drift och den tog fortfarande pendlarna till och från Kappeln på 1950-talet.
Under 1800-talet inledde grannländerna Tyskland och Danmark en lång kamp om det värdefulla gränsområdet kring Flensburg. Krigsminnen vid Sankelmark och i Bilschau samt på slagfälten i Bov (DK) och Oeversee minns fortfarande dessa strider. Schleswig-Holsteins uppror mot Danmark (1848-51) utlöste en fas under vilken Flensburg var Holsteins huvudstad, och efter den ekonomiska världskrisen 1857 ledde det så småningom till det tysk-danska kriget 1864. Till följd av detta krig hamnade Schleswig-Holstein under österrikiskt och preussiskt styre. År 1867 blev Schleswig-Holstein – och därmed Flensburg – en preussisk provins, och den 22 september 1867 bildades länet Flensburg.
Handelskammaren grundades 1870, Diakonissenanstalt öppnades 1874, Flensburgs huvudpostkontor följde 1881, och domstol och fängelse 1882. År 1894 togs det första kraftverket i drift. År 1910 färdigställdes byggnaden av marinakademin Mürwik i dess idealiska läge vid Flensburgs havsvik. Ända sedan dess har marinofficerare utbildats och utbildas fortfarande där. Nederlaget i första världskriget satte för en tid stopp för stadens stadiga ekonomiska tillväxt. I valen den 10 februari och 14 mars 1920 beslutade befolkningen i Flensburg att förbli en del av Tyskland, men staden förlorade cirka 9 000 hektar av sitt omgivande område, inklusive åtta samhällen. Från och med då var Flensburg en gränsstad med nationella minoriteter på båda sidor av denna gräns. Befolkningen höll dock kontakten och det fanns ett sunt och rationellt politiskt samarbete samt en anmärkningsvärt mångsidig variation av gemensamma kulturprojekt som utvecklades runt den danska gränsen. Ett stort antal nya skolor och bibliotek inrättades till exempel i regionen under de få åren mellan inflationstiden och andra världskriget.
Schäferhaus flygplats var i drift redan 1925 och järnvägsstationen följde efter 1927. Deutsches Haus vid Berliner Platz byggdes mellan 1927 och 1930 för att uttrycka rikets tacksamhet mot staden Flensburg för att den stannade kvar i Tyskland. Idag fungerar det som en evenemangslokal för stora konserter och andra kulturevenemang. Tysklands första centrala busstation färdigställdes också i Flensburg 1930, och denna har renoverats helt och hållet under de senaste åren. Dagens skola för telekommunikation i Mürwik skapades 1936/37.
När andra världskriget tog slut sökte Reichsregeringen skydd vid marinakademin i Mürwik. Amiral Dönitz var ansvarig och det var härifrån han förklarade Tysklands kapitulation. Flensburgs öde var återigen osäkert.
Efter kriget togs kulturprojekt, särskilt sådana som riktade sig till ungdomar, snabbt upp igen. Lärarhögskolan öppnade 1946 och sedan 1994 heter den Flensburgs universitet. Den första ungdomskonferensen efter kriget på Scheersberg ägde rum 1947. År 1950 började NWDR (numera NDR) sända från Flensburg och Grenzakademie (gränsakademi) grundades i Sankelmark. År 1952 flyttade KBA (den federala avdelningen för bilkörning), där allas straffpoäng samlas in, från Bielefeld till Flensburg.
Ekonomiska problem under efterkrigstiden hanterades på ett målmedvetet sätt. Angeln fick en modern huvudväg och lämpliga trafikförbindelser, och jordbruket blev den viktigaste ekonomiska faktorn i regionen. Handel och industrier ’ särskilt varvsindustrin ’ utvecklades på nytt i Flensburg, och turismen blev också en allt viktigare fråga. Runt den gamla staden har det utvecklats moderna stadsdelar med många industrier, små företag och tjänster, som förser befolkningen i hela länet med arbetstillfällen och en avsevärd levnadsstandard. År 1964 stod det nya stadshuset i Pferdewasser klart och 1968 blev Holm en gågata. Fram till 1976 ingick även Nordermarkt och Groe Strae i gågatan.
Den exemplariska systematiska renoveringen av de historiska husen i Gamla stan påbörjades på 1970-talet och pågår fortfarande. År 1984 firade Flensburg 700 år av stadens förordningar och privilegier, och samma år öppnades Schifffahrtsmuseum (sjöfartsmuseum). Besökare kan idag beundra mängder av vackra historiska byggnader och pittoreska innergårdar med små kaféer och företag, liksom den ursprungliga gamla stadskärnan mellan Nordermarkt och Südermarkt. Den uppenbara skandinaviska stilen och den vackra kustlinjen längs med fjärden bidrar till Flensburgs unika charm, som helt enkelt måste upplevas.