”Childhood” är en biografisk referens till Jacksons svåra år som ung, till exempel förhållandet till sin far Joseph och pressen av att vara världsberömd från en så ung ålder som sångare i The Jackson 5. Från unga år påstås Jackson och hans syskon ha blivit fysiskt och känslomässigt misshandlade av sin far genom oavbrutna repetitioner, piskningar och nedsättande namninsamlingar. Jacksons misshandel som barn hade påverkat honom under hela hans senare liv. I ett bråk – som Marlon Jackson senare minns – höll Joseph Michael Jackson upp och ner i ena benet och ”slog honom om och om igen med handen och slog honom på ryggen och skinkorna”. Joseph påstås ofta ha snubblat eller knuffat sina söner in i väggar. En natt, när Jackson sov, klättrade Joseph in i hans rum genom sovrumsfönstret. Iförd en skräckmask gick han in i rummet och skrek och ropade. Joseph sade att han ville lära sina barn att inte lämna fönstret öppet när de somnade. Under ett antal år efteråt led Jackson av mardrömmar om att ha blivit kidnappad från sitt sovrum.
Och även om det i flera år hade rapporterats om att Jackson hade haft en missbrukande barndom, talade han för första gången öppet om det i en intervju med Oprah Winfrey 1993. Han grimaserade när han talade om barndomsmisshandeln av sin far; han uppgav att han hade missat mycket av sin barndom och erkände att han ofta grät av ensamhet. I samma intervju, när han talade om sin far, sade Jackson: ”Det fanns tillfällen när han kom för att träffa mig och jag blev sjuk … Jag började kräkas. Jag är ledsen … Var inte arg på mig … Men jag älskar honom”. I Jacksons andra uppmärksammade intervju Living with Michael Jackson (2003) täckte han ansiktet med handen och började gråta när han talade om sina övergrepp i barndomen. Jackson mindes att Joseph satt i en stol när gruppen repeterade och sa: ”Han hade det här bältet i handen. Om du inte gjorde det på rätt sätt så slet han sönder dig, han tog verkligen tag i dig. Det var illa. Riktigt illa”. När Jackson fick sitt pris Living Legend – som Janet Jackson överlämnade till honom – vid Grammisgalan 1993 sa han: ”Jag läser inte allt som skrivits om mig, jag var inte medveten om att världen tyckte att jag var så konstig och bisarr. Men när man växer upp som jag gjorde inför 100 miljoner människor sedan fem års ålder är man automatiskt annorlunda… Min barndom togs helt ifrån mig. Det fanns ingen jul, inga födelsedagar. Det var ingen normal barndom, inga normala nöjen i barndomen. De byttes ut mot hårt arbete, kamp och smärta och slutligen materiell och professionell framgång.”
Båda Jacksons föräldrar har förnekat de långvariga anklagelserna om övergrepp och Katherine erkänner att även om piskningarna betraktas som barnmisshandel av dagens generationer var sådana disciplinära metoder normala på den tiden. I en intervju har Jackie, Tito, Jermaine och Marlon också förnekat att deras far är missbrukare och enligt Jermaine är han, näst efter Michael, en av de mest missförstådda personerna.