Namnet ”Óbidos” är en latiniserad (oppidum, citadell) av det äldre keltiska ”Eburobricio”. Kommunen hade sin tillväxt från en romersk bosättning nära foten av en upphöjd sluttning. Regionen Óbidos, som sträcker sig från Atlanten till det inre av provinsen Estremadura längs floder och sjöar, har varit bebodd sedan slutet av paleolitikum. En bosättning byggdes av tidiga keltiska stammar som senare blev ett handelscentrum för fenicierna. Arkeologiska bevis från basen av det medeltida tornet (söder om Facho) vid Óbidos slott visar på en romersk konstruktion med koppling till en utpost i den romerska civitas Eburobrittium, ett stort stadsområde som har varit föremål för utgrävningar. Arkeologiska undersökningar fastställde resterna av ett forum, bad och andra romerska strukturer nära bosättningen.
Efter Roms fall kom regionen under inflytande av visigoterna, även om specifika uppgifter saknas. Den romerska staden Eburobrittium övergavs på 500-talet till förmån för den säkrare bergstopp där den huvudsakliga bosättningen idag ligger. Någon gång efter 713 upprättade morerna en befästning på detta berg, medan ett kristet samhälle av mozaraber bodde i Moncharro-området.
Området togs från morerna av Portugals första kung, Afonso Henriques, år 1148. Traditionen säger att en riddare, Gonçalo Mendes da Maia, var ansvarig för den framgångsrika stormningen av det moriska slottet. Återerövringen av Óbidos var ett sista steg i erövringen av regionen Estremadura-provinsen, efter bosättningarna i Santarém, Lissabon och Torres Vedras. Efter kontrollen av regionen fick bosättningen sin första foral (stadga) 1195, under kung Sancho I:s regeringstid. 1210 gav kung Afonso II titeln på denna by till drottning Urraca. Sedan dess har Óbidos ofta varit beskyddad av Portugals drottningar, vilket har gett upphov till dess informella titel Vila das Rainhas (engelska: town of the Queens); flera kungliga gemål berikade byn med donationer från medeltiden fram till 1500-talet.
Obbidos slott och murar byggdes om under kung Dinis I:s regeringstid. Strukturen av kalksten och marmor förstärktes och utvecklades, medan borgen skapades på 1300-talet, av kung Fernando. Vid tiden för det första ombyggnadsprojektet hade bosättningen också vuxit utanför slottets portar.
Kyrkan Santa Maria i Óbidos var platsen för kung Afonso V:s bröllop med sin kusin, prinsessan Isabella av Coimbra, den 15 augusti 1441, när de båda fortfarande var barn i åldrarna 9 respektive 10 år. De administrativa reformer som kung Manuel I genomförde i Óbidos 1513 innebar bland annat att man införde en formell stadga och att man genomförde en omfattande omkalibrering av stadsområdet.
Den jordbävning som ägde rum 1755 orsakade skador på byns murar, ett fåtal kyrkor och många byggnader och resulterade i att arkitekturen av arabisk eller medeltida inspiration gick förlorad. På samma sätt utkämpades halvårskrigen i närheten av Óbidos, bland annat i slaget vid Roliça. På senare tid var byn ett regeringscentrum och en mötesplats för dem som var inblandade i 1974 års nejlikerevolution, vilket knyter byn till den väpnade rörelsens revolt.