Despre Centrul HMS LINCS

Centrul LINCS de la Harvard Medical School (HMS) este finanțat prin grantul NIH U54 HL127365 și face parte din programul NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). Obiectivele generale ale acestui program sunt de a colecta și disemina datele și instrumentele analitice necesare pentru a înțelege modul în care celulele umane răspund la perturbările cauzate de medicamente, mediu și mutații. Informații suplimentare despre LINCS și alte centre participante sunt disponibile pe site-ul web al programului.

Centrul LINCS al HMS își propune să descopere principiile fundamentale ale răspunsului celular la perturbări, inclusiv relația dintre doză și răspuns, originea și semnificația variației de la celulă la celulă și baza moleculară a sensibilității și rezistenței la medicamente. Datele generate la HMS includ teste biochimice multiplex, proteomice și de imagistică pentru care standardele de diseminare sunt slab dezvoltate; îmbunătățirea acestora și eliberarea tuturor datelor, algoritmilor și concluziilor din caietele și lucrările noastre reprezintă un obiectiv-cheie al centrului. Centrul dezvoltă, de asemenea, noi algoritmi pentru analiza pe scară largă a seturilor de date complexe de răspuns perturbator, care sunt disponibile prin intermediul paginilor de rezumat ale proiectelor personalizate. De obicei, publicăm cel puțin o analiză biologică a fiecărui set de date, dar aceste lucrări descriu doar una dintre numeroasele utilizări ale datelor. Încurajăm utilizatorii să exploreze datele primare pe baza propriilor idei și algoritmi.

Assays

Ne concentrăm pe analize biochimice și pe bază de celule pe (i) inhibitori de kinaze cu molecule mici, o clasă principală de agenți terapeutici pentru tratamentul cancerului, al bolilor autoimune și al altor boli; (ii) modificatori ai epigenomului, cum ar fi inhibitorii de bromodomeni și HDAC; și (iii) liganzi naturali, cum ar fi factorii de creștere și citokinele inflamatorii. În general, profilăm răspunsurile a ~100 de linii celulare și tipuri de celule primare la ~400 de perturbații în funcție de doză și timp.

Acces la date, algoritmi și instrumente

HMS LINCS oferă acces public în timp util la toate datele și software-ul relevante, în conformitate cu politica de eliberare a datelor a programului LINCS al NIH. Se acceptă atât descărcarea simplă, cât și accesul programatic.

Explorarea datelor și cazuri de utilizare: Paginile de rezumat și de explorare pentru publicațiile HMS LINCS oferă descrieri ale principalelor constatări, linkuri către seturile de date relevante din baza de date HMS LINCS și instrumente personalizate de vizualizare a datelor. Acestea și alte instrumente sunt disponibile prin intermediul paginii noastre de software.

Acces la date: Toate seturile de date HMS LINCS făcute publice și metadatele reactivilor sunt accesibile prin intermediul bazei de date HMS LINCS, unde funcțiile de căutare fac posibilă interogarea unor seturi de date și reactivi specifici (de exemplu, în funcție de tipul de celule sau perturbagen). Aceste funcții de căutare și descărcare sunt îmbunătățite în mod activ, iar noi încurajăm utilizatorii să trimită feedback la lincs-feedback hms.harvard.edu.