SindromulIPEX se dezvoltă cel mai frecvent în primele zile sau săptămâni de viață și afectează exclusiv băieții. Se manifestă în mod clasic prin apariția secvențială a triadei de enteropatie, boală autoimună (în special diabet zaharat de tip I) și afectare cutanată, dar caracteristicile clinice și severitatea bolii pot varia considerabil între indivizi. Enteropatia autoimună severă se manifestă prin diaree secretorie intratabilă care duce la malabsorbție, tulburări electrolitice și incapacitate de creștere. Se pot observa, de asemenea, vărsături, ileus, gastrită sau colită. Pacienții prezintă, de asemenea, endocrinopatii autoimune, în general diabet zaharat insulino-dependent (DM de tip 1), adesea în copilărie sau în copilăria timpurie, dar și tiroidită care duce la hipotiroidism sau hipertiroidism. Afectarea cutanată constă într-o erupție pruriginoasă generalizată care seamănă cu eczema, psoriazisul și/sau dermatita atopică sau exfoliativă. Mai rar, se poate observa alopecie sau onicodistrofie. Pacienții pot dezvolta citopenii autoimune, trombocitopenie, anemie hemolitică și neutropenie. Implicarea autoimună poate duce, de asemenea, la pneumonită, hepatită, nefrită, miozită, splenomegalie și/sau limfadenopatie. Pot apărea infecții locale sau sistemice (de exemplu, pneumonie, infecții cu stafilococ auriu, candidoză), dar par a se datora mai degrabă pierderii barierelor cutanate și intestinale, terapiilor imunosupresoare și alimentației deficitare decât unei imunodeficiențe primare. Sunt descrise constatări neurologice, inclusiv neuropatie periferică, miopatie și hipotonie,

.