Orașul vechi, Noto Antica, se află la 8 kilometri (5 mi) direct spre nord, pe Muntele Alveria. Oraș de origine sicelă, a fost cunoscut în antichitate sub numele de Netum. În 263 î.Hr. orașul a fost concesionat lui Hiero al II-lea de către romani. Potrivit legendei, Daedalus a rămas în oraș după zborul său deasupra Mării Ionice, la fel ca și Hercule după cea de-a șaptea sarcină a sa. În timpul epocii romane, s-a opus magistratului Verres.

O vedere a Primăriei Noto.

În 866 a fost cucerit de musulmani, care au ridicat orașul pentru a deveni capitala unuia dintre cele trei districte ale insulei (Val di Noto). În 1091, a devenit ultima fortăreață islamică din Sicilia care a căzut în mâinile creștinilor. Ulterior, a devenit un bogat oraș normand.

În secolele al XVI-lea și al XVII-lea, orașul a găzduit mai multe personalități intelectuale notabile, printre care Giovanni Aurispa, juriștii Andrea Barbazio și Antonio Corsetto, precum și arhitectul Matteo Carnelivari și compozitorul Mario Capuana. În 1503, regele Ferdinand al III-lea i-a acordat titlul de civitas ingeniosa („Oraș ingenios”). În secolele următoare, orașul s-a extins, depășind limitele sale medievale, și au fost construite noi clădiri, biserici și mănăstiri.

Orașul medieval Noto a fost practic ras de cutremurul sicilian din 1693. Se spune că peste jumătate din populație ar fi murit în urma cutremurului. S-a decis să se reconstruiască orașul pe locul actual, pe malul stâng al râului Asinaro, mai aproape de țărmul ionic. Aceste circumstanțe au făcut ca acest oraș să aibă o omogenitate arhitecturală unică, deoarece nucleul orașului a fost construit în întregime în următoarele decenii după calamitate, în ceea ce reprezintă un exemplu tipic și foarte bine conservat de baroc sicilian. Amenajarea a urmat un sistem grilă realizat de Giovanni Battista Landolina și a folosit versantul înclinat al dealului pentru efecte scenografice. Arhitecții Rosario Gagliardi, Francesco Sortino și alții au participat fiecare la proiectarea mai multor structuri. Orașul a fost supranumit „Grădina de piatră” de către Cesare Brandi și este în prezent inclus pe lista Patrimoniului Mondial UNESCO. Multe dintre structurile mai noi sunt construite dintr-o piatră de tuf moale, care capătă o tonalitate de miere sub lumina soarelui. Cu toate acestea, părți ale catedralei s-au prăbușit în mod neașteptat în 1996.

Orașul, care își pierduse statutul de capitală provincială în 1817, s-a răsculat împotriva Casei de Bourbon la 16 mai 1860, lăsându-și porțile deschise pentru Giuseppe Garibaldi și expediția sa. Cinci luni mai târziu, la 21 octombrie, un plebiscit a pecetluit anexarea orașului Noto la Piemont.

În 1844, Noto a fost numit Dieceză, dar în 1866 a suferit desființarea breslelor religioase, care fuseseră profund legate de structurile și clădirile orașului.

.