În 1775 Biddle s-a întors în America de Nord pentru a-și oferi serviciile statului Pennsylvania pentru a se opune dominației britanice. Odată cu izbucnirea Războiului Revoluționar American, Comitetul de Siguranță din Pennsylvania l-a plasat pe Biddle la comanda galeriei înarmate Franklin. În decembrie 1775, Biddle a fost însărcinat în Marina Continentală și a fost numit căpitan al bricului cu 14 tunuri Andrew Doria.

Biddle a participat la expediția împotriva New Providence și a luptat în acțiunea Marinei Continentale cu HMS Glasgow la 6 aprilie 1776. Biddle a fost foarte critic cu privire la această acțiune, observând că lipsa de semnalizare a comodorului Esek Hopkins a dus la o acțiune „helter skelter”. Ulterior, Biddle avea să captureze numeroase nave, inclusiv transporturi ale armatei britanice, în croaziere ulterioare.

Biddle a participat mai târziu la o croazieră pe bancurile din Newfoundland care a avut un succes atât de mare în ceea ce privește capturarea de nave, încât atunci când Biddle s-a întors în port mai avea doar cinci marinari la bordul navei sale; restul erau echipaje ale premiilor capturate în timpul croazierei.

La 6 iunie 1776, Biddle a fost numit de către Congresul Continental să comande Randolph, o fregată de 32 de tunuri care se construia atunci în Philadelphia. Aceasta a fost lansată spre sfârșitul anului și a plecat la începutul anului 1777. În septembrie 1777, Biddle a capturat HMS True Briton și convoiul său de trei nave.

La 7 martie 1778, în largul Barbados, Randolph a angajat nava de linie britanică de 64 de tunuri HMS Yarmouth. În loc să încerce să fugă de adversarul mai puternic înarmat, Randolph s-a angajat în luptă pentru a proteja un convoi comercial american. Un martor ocular a relatat că fregata a rezistat în cele douăzeci de minute de luptă, părând „să tragă patru sau cinci focuri de sabie față de unul singur al lui Yarmouth”. După ce Biddle a fost rănit, Randolph a explodat brusc, ucigându-i pe toți cei 305 de la bord, cu excepția a patru dintre ei, inclusiv pe Biddle. Pierderea lui Randolph a fost o lovitură serioasă pentru proaspăta Marină Continentală. Corpul său a fost pierdut pe mare și nu a fost recuperat niciodată.

Fratele său, Edward Biddle, a fost un apărător fervent al independenței americane, iar nepotul său, Nicholas Biddle, a fost un bancher apreciat.

Patru nave ale Marinei Statelor Unite au fost numite USS Biddle în onoarea sa.

Cartea lui Cyrus Townsend Brady For Love of Country se bazează parțial pe viața lui Nicholas Biddle.