Nerja are o istorie îndelungată, evidențiată de picturile primitive găsite în faimoasele sale peșteri Nerja, descoperite în 1959. În prezent, se crede că aceste peșteri sunt doar una dintre intrările unei serii de doline legate între ele, care se întind pe mai mulți kilometri în munții dintre Nerja și Granada și care s-ar putea dovedi a fi unul dintre cele mai vaste sisteme neexplorate din Europa. Vizitatorii peșterilor vor putea vedea rămășițele unuia dintre vechii locuitori ai Nerja.
Românii au construit aici trei așezări, inclusiv Detunda, din care acum pot fi văzute rămășițe mari. Ulterior, zona a fost preluată de arabi la începutul secolului al VIII-lea. În timpul maurilor, orașul era cunoscut sub numele de Narixa, care înseamnă „izvor abundent”, de unde provine și numele actual.
Se spune că produsele sale agricole și de mătase au fost renumite în întreaga lume musulmană și pe piețele din Damasc încă din secolul al X-lea.
Balcón de Europa, un mirador sau un punct de belvedere care oferă vederi uimitoare asupra mării, se află în centrul orașului vechi. Se crede în mod popular că numele său a fost inventat de regele Alfonso al XII-lea, care a vizitat zona în 1885 în urma unui cutremur dezastruos și a fost captivat de scenă. Folclorul local spune că a stat pe locul unde se află acum Balcón și a spus: „Acesta este balconul Europei”. Documentele din arhivele locale ar arăta că numele său este anterior acestei vizite, dar acest lucru nu a împiedicat autoritățile să amplaseze o statuie în mărime naturală (și foarte fotografiată) a regelui în picioare lângă balustradă.
Zona Balcón a fost inițial cunoscută sub numele de La Batería, o referire la bateria de tunuri care exista acolo într-un turn fortificat. Această poziție și un turn similar din apropiere au fost distruse în timpul Războiului Peninsular. În mai 1812, navele britanice Hyacinth, Termagant și Basilisk au sprijinit gherilele spaniole de pe coasta din Granada, împotriva francezilor. La 20 mai, Termagant sau Hyacinth au deschis focul, iar forturile au fost distruse. Două tunuri ruginite amplasate la capătul Balcónului amintesc de aceste vremuri violente. Bucățile uriașe de stâncă, rămășițele La Batería, vizibile în mare la capătul Balcón, sunt o altă dovadă a acestei acțiuni.
.