OntoBee AberOWL OLS NCBI

Ontologia NCBITaxon este o traducere automată a bazei de date taxonomice NCBI în obo/owl.

Traducerea tratează fiecare taxon ca o clasă obo/owl ale cărei instanțe (pentru majoritatea ramurilor ontologiei) ar fi organisme individuale. De exemplu:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Traducerea reproduce fidel întregul conținut al bazei de date sursă, chiar și atunci când acest lucru contravine orientărilor OBO. De exemplu:

• Clasa rădăcină se numește „root” (rădăcină), în loc de ceva de genul „organism”
• Se folosesc nume plurale (atât nume Linnaean, cât și nume comune). De ex. „mamifere”
• Capacitatea de organism a anumitor clase ar putea fi contestată – fie din punct de vedere biologic („viruși”), fie din punct de vedere ontologic („eșantioane de mediu”)
• Sinonimele pot include ghilimele ca parte a textului

PURL-uri

Purlele pentru această ontologie sunt:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (purl oficial pentru ontologie)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (versiune în format obo)

PURL-urile ar trebui să poată fi rezolvate în OntoBee. De exemplu:

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases of the obo/owl happen when the Continuous IntegrationJob is manuallytriggered. În prezent, acest lucru trebuie să fie făcut de un administrator OBO. Nu există în prezent un ciclu fix, iar acest lucru se face în general la cerere. Echipa care se ocupă în mod informal de acest lucru este:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Contactați lista de e-mail (a se vedea mai jos) pentru comentarii în acest sens.

Extensiuni

OG utilizează o extensie a NCBITaxon în scopul grupării. A se vedea:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

această ontologie include clase noi în spațiul de nume NCBITaxon_Union. Aceste clase sunt toate definite folosind uniuni – de exemplu Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Una dintre principalele utilizări ale ontologiei NCBITaxon este definirea constrângerilor de taxon într-o ontologie multispecie. Pentru detalii, a se vedea:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., și Mungall, C. J. (2010). Formalizarea constrângerilor bazate pe taxoni pentru a detecta inconsecvențele în adnotarea și dezvoltarea ontologiei. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Constrângeri de taxoni în OWL (postare pe blog)
• Constrângeri de taxoni în Uberon
• O taxonomie pentru imunologi ICBO 2013

Liste de e-mailuri

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Rețineți că aceasta diferă de alte ontologii OBO prin faptul că este o traducere a unei baze de date produsă în afara OBO. Dacă doriți să sugerați modificări reale ale taxonomiei bazei de date, contactați NCBI.

Personalul NCBI este foarte receptiv și de ajutor, după cum arată această postare din partea echipei Bgee

Dacă doriți să sugerați modificări ale traducerii, atunci contactați mentorul sau lista de e-mail de mai sus.

Citând ontologia NCBITaxon

înainte de a cita, întrebați-vă care este artefactul pe care doriți să îl citați:

• Bază de date taxonomice NCBI
• Reprezentarea OBO/OWL a bazei de date taxonomice NCBI

Aceasta din urmă este o traducere destul de banală a celei dintâi. Dacă citați în vreun fel conținutul, atunci ar trebui să citați baza de date. În prezent, cea mai actualizată referință este:

• Federhen, Scott. Baza de date de taxonomie NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Dacă doriți să citați în mod specific traducerea OBO/OWL, utilizați URL-ul pentru această pagină