Deși majoritatea melodiilor de pe My Brain Hurts au fost scrise de Weasel, la fel ca și materialele de pe albumele anterioare ale trupei, acesta a început să colaboreze mai mult cu Vapid și mai puțin cu Jughead. Singurul cântec de pe album care îl creditează pe Jughead ca și co-autor este „Fathead”, a cărui versiune originală a apărut anterior pe EP-ul Punkhouse. În retrospectivă, Weasel l-ar numi pe Vapid „singura persoană cu care mă simțeam confortabil scriind cântece.”

Principalul de chitară pentru „Guest List” a fost scris inițial de Vapid pentru un cântec Sludgeworth, dar „pur și simplu nu funcționa”, în timp ce refrenul „mi-a venit în minte” în timp ce conducea prin Roscoe Village în North Center, Chicago, cu puțin timp înainte ca trupa să meargă să înregistreze albumul. În timpul unei călătorii în Olympia, Washington, Vapid i-a arătat ceea ce scrisese lui Weasel, care a combinat ideea melodiei principale și a refrenului într-un singur cântec. Weasel a adus, de asemenea, lead-ul mai sus cu o octavă, ceea ce se pare că a fost un „hat tips pentru eroii locali Naked Raygun”. Weasel a scris cea mai mare parte a versurilor cântecului, dar a spus că „‘Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ was a line that only could’ve come from Vapid.”

După Vapid, „Veronica Hates Me” a început ca un joc pe melodia Material Issue „Valerie Loves Me”. „La vremea respectivă, cred că nutream resentimente față de cântărețul lor, Jim Ellison, pentru că ne-a înșelat la un spectacol pe care l-a promovat”, a declarat Vapid. În timp ce scria piesa, Weasel a declarat că „a încercat să ia acordurile standard folosite în vechiul rock ‘n’ roll și actualizate de Ramones și să le răsucească puțin”. Weasel a declarat că, atunci când a început să scrie cântecul, și-a făcut o regulă că nu va „ieși din cele patru acorduri standard folosite în acel stil de cântec”. „La pauză, am folosit un aranjament tradițional pentru a oferi ascultătorului ceea ce am presupus că și-ar fi dorit după ce am rezistat pentru cea mai mare parte a cântecului”, a spus el. În ciuda faptului că nu a fost scris împreună cu Vapid, Weasel a declarat că a scris cântecul „cu el în minte”, explicând că „unele dintre cele mai bune cântece ale mele din această perioadă au venit exclusiv din dorința mea de a scrie cântece care să-l impresioneze.”

Weasel a declarat că „s-a distrat de minune aranjând ‘I Can See Clearly'”, recunoscând că „a fost prima dată când am făcut un aranjament decent al unui cântec al altcuiva și am fost foarte mulțumit de rezultate.” Cu toate acestea, aranjamentul grupului nu a inclus podul din original. „Versiunea noastră nu merita cu adevărat un bridge, așa că l-am înlocuit cu lead-ul de chitară din deschidere, care apoi s-a transformat într-un lead melodic pentru ultimele patru măsuri”, a spus Weasel.

„The Science of Myth” a fost parțial inspirat de documentarul PBS din 1988 Joseph Campbell and the Power of Myth (Joseph Campbell și puterea mitului). Weasel a declarat că „a devenit interesat de aplicarea credințelor spirituale” după ce l-a vizionat și a încercat să scrie și să aranjeze cântecul într-un stil „favorizat de tipul de trupă punk care ar scrie de obicei cântece anti-religioase”. De asemenea, a fost inspirat de cântecul „The History of the Concept of the Soul” al trupei The Mr. T Experience, spunând că „a vrut să încerce să facă ceva similar scriind ceea ce ar arăta ca versiunea Cliff’s Notes a unui eseu și făcându-l să curgă, în loc să îl scrie în maniera unui text rock convențional”. Inițial, Weasel a dezbătut posibilitatea de a nu pune cântecul pe album, spunând că părea „puțin deplasat”, dar mai târziu a decis să îl includă după ce a fost înregistrat.

.