Jocul este complet 3D, cartografiat de o grilă invizibilă; vehiculele se înclină pentru a întâlni terenul accidentat, iar proiectilele pot fi blocate în mod realist de obstacole. Camera se mișcă liber și poate mări și micșora, se poate roti și se poate deplasa în sus sau în jos în timp ce navighează pe câmpul de luptă.

În joc, sunt urmate elementele obișnuite de strategie în timp real, cum ar fi construirea bazei și colectarea de resurse, dar Metal Fatigue diferă de celelalte titluri prin faptul că oferă jucătorilor posibilitatea de a se lupta cu jonglerii gigantice de înaltă tehnologie în stil mech, numite Combots.

Combots pot fi personalizate prin patru părți principale de combot: un trunchi, o singură pereche de picioare și două bucăți separate de braț (cu excepția piloților de combot). Jocul permite, de asemenea, jucătorilor să recupereze Combots inamici distruși și diferitele lor părți. Piesele recuperate pot fi grefate pe proprii piepteni ai jucătorului (fie de către un pieptene de pe teren, fie aduse înapoi și construite într-unul nou) și, mai important, pot fi cercetate și modificate prin inginerie inversă, adăugând componenta în baza tehnologică a jucătorului.

În joc, unitățile nu pot crește în rang prin experiență. Cu toate acestea, după o finalizare a unei misiuni pentru un singur jucător, jucătorul primește puncte care pot fi folosite pentru a îmbunătăți piloții combot, vehiculele sau structurile.

Jocul pune, de asemenea, accentul pe războiul pe mai multe niveluri. Câmpul de luptă este împărțit în trei niveluri de luptă: un nivel orbital, un nivel de suprafață și un nivel subteran. Combots cu capacități de zbor sunt capabili să traverseze în voie între nivelul orbital și nivelul de suprafață. Doar vehiculele sunt capabile să traverseze nivelul subteran, în care trebuie să se intre de la suprafață, deși o instalație de producție de vehicule poate fi construită după ce un lift a fost construit de o unitate de foraj și unitățile de constructori au fost trimise în jos.

.