Excavațiile la sit au fost inițiate sub conducerea lui John L. Caskey în 1952, ale cărui eforturi au inițiat seria de publicații ale epocii bronzului din Lerna, Lerna I-V, inspirând multe alte publicații.
Lerna a fost ocupată în neolitic, încă din mileniul al V-lea î.Hr., apoi a fost abandonată pentru o perioadă de timp înainte de secvența de ocupație din epoca bronzului timpuriu (perioada elenică până la miceniană). Tehnicile la fața locului de cioplire a silexului cu obsidian și chert de import atestă continuitatea culturală în această lungă perioadă de timp, reducerea aprovizionării cu obsidian din Melos atestând reducerea comerțului pe distanțe lungi la sfârșitul celui de-al III-lea eladic timpuriu, care corespunde Lernei IV.
Lerna are unul dintre cele mai mari tumuli preistorici din Grecia, acumulat în timpul unei ocupații neolitice îndelungate; apoi, creasta sa a fost nivelată și extinsă – ca la Eutresis și Orchomenus din Helladicul timpuriu – într-o nouă așezare: acest strat, numit Lerna III în stratigrafia sitului, corespunde cu Helladicul timpuriu II în alte situri. Lerna III nu prezintă semne de continuitate cu ocupația anterioară; aici se află un palat cu două etaje sau un centru administrativ care este denumit Casa Țiglelor, pentru țiglele de teracotă care îi îmbrăcau acoperișul (un exemplu timpuriu de acoperiș din țiglă). Acest centru de putere puternic fortificat datează din epoca timpurie a epocii bronzului, numită Helladic timpuriu, aproximativ 2500 – 2200 î.Hr. Deși au fost identificate cinci etape de ocupație la Lerna, situl „Casei Țiglelor”, după ce a fost distrus de un incendiu, nu a mai fost reconstruit, fie din respect, fie din teamă, până când, la sfârșitul perioadei eladice mijlocii, au fost săpate morminte cu puț în tumulul Casei Țiglelor, ceea ce indică faptul că semnificația acestui monument fusese uitată. Lerna a fost folosită ca cimitir în timpul epocii miceniene, dar a fost abandonată în jurul anului 1250 î.Hr.
Ceramica de la Lerna III include vasele cu gura de vărsare de marcă, pe care arheologii le numesc „sosiere”, cu margini care se ridică în sus într-o gură curbată, precum și boluri cu margini încrucișate, atât cu fundul plat, cât și cu baze inelare, și farfurii largi, uneori cu margini smălțuite, mai plăcute pentru buzele băutorului. Borcanele și hidricele au curbe umflate. Decorul pictat este rar; sigiliile ștampilate formează modele decorative pe unele piese, sau au fost folosiți cilindri cu scrijelituri rulate pentru a realiza modele în bandă. În mod remarcabil, modele în bandă realizate cu același sigiliu au fost găsite la Lerna, Tiryns și Zygouries. Arderea Casei Țiglelor a pus capăt în mod decisiv celei de-a III-a perioade la Lerna; un tumul rotund de joasă înălțime a marcat situl său netulburat, aparent sacru.
Lerna IV (Helladic III timpuriu) a marcat un nou început, de data aceasta nu ca sediu fortificat al autorității centrale, ci ca oraș mic, cu case de două și trei camere cu ziduri de cărămidă brută așezate pe fundații de piatră; mai multe dintre ele aveau șeminee circulare centrale. Străzi înguste separau casele. O mare abundență de gropi fără căptușeală (bothroi) a fost caracteristică acestei faze: în cele din urmă, acestea s-au umplut cu deșeuri, oase, cioburi de vase, chiar și vase întregi. Ceramica, în mod evident discontinuă față de Lerna III, prezintă o serie de forme noi și primele semne – caneluri spiralate regulate în baze și linii incizate paralele – care marchează utilizarea tot mai frecventă a roții olarului. Decorul liniar pictat în glazură închisă pe corpul palid este caracteristic pentru Lerna IV. Caskey a identificat exemple timpurii de ceramică care, în contexte eladice medii, ar fi recunoscută drept ceramică Minyan și, printre puținele exemple de ceramică de import, un vas cu aripi caracteristic Troiei, poate Troia IV.
Lerna V este continuă cu faza precedentă, distinsă în mare parte prin noi stiluri de ceramică, cu introducerea bruscă și pașnică a ceramicii cu vopsea mată, versiunea Argive cu alunecare groasă a ceramicii cenușii Minyan, și o creștere viguroasă a tipurilor de ceramică de import, provenind din Ciclade și Creta (Minoicul Mijlociu IA). Un nou obicei de a îngropa morții în săpături în interiorul caselor sau între ele este universal în această perioadă.
Tehnicile geologice moderne, cum ar fi carotajul, au identificat situl lacului sacru dispărut Lerna, care era o lagună de apă dulce, separată de dunele de barieră de Marea Egee. În epoca bronzului timpuriu, Lacul Lerna avea un diametru estimat la 4,7 km. Defrișările au crescut rata de depunere a nămolului și lacul a devenit o mlaștină malarică, ale cărei ultime rămășițe au fost drenate în secolul al XIX-lea.
.