Pentru a identifica genele și funcțiile genelor care stau la baza aspectelor cheie ale biologiei leguminoaselor, cercetătorii au ales leguma de sezon rece Medicago truncatula ca sistem model pentru cercetarea leguminoaselor. Misiunea consorțiului M. truncatula este de a promova schimbul nerestricționat de date și informații care sunt furnizate de grupurile de cercetare Medicago din întreaga lume. Prin integrarea unei varietăți de date și instrumente, site-ul medicago.org intenționează să faciliteze progresul în domeniile genomicii structurale, comparative și funcționale. În acest scop, și în calitate de partener de consorțiu, Centrul pentru genomică computațională și bioinformatică (CCGB) de la Universitatea din Minnesota a dezvoltat MtDB2.0, versiunea 2.0 a bazei de date M. truncatula. Baza de date MtDB2.0 reprezintă primul pas către integrarea globală a informațiilor genomice, genetice și biologice din M. truncatula. MtDB2.0 este o bază de date relațională care integrează datele privind transcriptomul M. truncatula și oferă o gamă largă de opțiuni de extragere a datelor definite de utilizator. Baza de date este interogată prin intermediul unei serii de interfețe, cu 58 de opțiuni grupate în două filtre. Identificatorii de secvențe de pe toate site-urile publice de M. truncatula au referințe încrucișate complete pentru a facilita comparațiile între diferite site-uri, iar pentru toate rezultatele interogărilor sunt furnizate legături hipertext către înregistrările corespunzătoare din baza de date. Obiectivul MtDB este de a oferi cercetătorilor mijloacele de a identifica rapid și independent secvențe care corespund unor interese de cercetare specifice, pe baza unor criterii definite de utilizator. MtDB2.0 oferă acces nerestricționat la instrumente de interogare avansate și puternice, neegalate de nicio altă bază de date publică. Interogările codificate în limbajul Structurad Query Language (SQL), cu o interfață de utilizator web bazată pe Java, încorporează diferite filtrări care permit extragerea sofisticată a datelor din rezultatele proiectului de secvențiere a etichetelor de secvență exprimată, inclusiv setul CCGB M. truncatula Unigene generat cu ajutorul ansamblatorului Phrap. Baza de date de bază și software-ul de interogare au fost concepute pentru a facilita actualizările și portabilitatea la alte organisme model. Accesul public la baza de date este la adresa http://www.medicago.org/MtDB.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată.