Malcolm X a crescut rapid în cadrul Națiunii Islamului, o organizație religioasă condusă de Elijah Muhammad. El a călătorit prin țară în calitate de ministru și purtător de cuvânt, înființând noi moschei și abordând tulburările civile cu pasiunea și exprimarea articulată care îl caracterizează, atrăgând un număr record de noi convertiți. În această perioadă a vieții sale, s-a căsătorit cu Betty X (fostă Sanders) în Lansing, Michigan, în 1958.
Deși mesajul său era considerat radical și incendiar, el a îmbrățișat în mod activ curățenia morală, mentală și spirituală ca mijloc de eliberare a poporului său de opresiune.
Când Malcolm X a descoperit că Elijah Muhammad avea în secret relații cu adeptele sale și că fusese tatăl mai multor copii, a devenit dezamăgit de liderul Națiunii Islamului.
Dezamăgit de ipocrizie, Malcolm X a părăsit NOI și și-a format propria organizație, Muslim Mosque, Inc. în martie 1964. În același an, a făcut un pelerinaj religios la Mecca; călătoria a avut un efect profund asupra activistului, determinându-l să-și schimbe numele în el-Hajj Malik el-Shabazz și să-și reevalueze convingerile.
A scris într-o scrisoare: „M-au întrebat ce m-a impresionat cel mai mult la Hajj. … Am spus: ‘Frăția! Oamenii de toate rasele, culorile, din toată lumea, venind împreună ca unul singur!’! Mi-a dovedit puterea Dumnezeului Unic. … Toți mâncau ca unul singur și dormeau ca unul singur. Totul în atmosfera pelerinajului a accentuat unicitatea omului sub un singur Dumnezeu.”

.