James Milne, cunoscut mai târziu sub numele de James Mill, s-a născut în Northwater Bridge, în parohia Logie Pert, Angus, Scoția, fiul lui James Milne, un cizmar și mic fermier. Mama sa, Isabel Fenton, dintr-o familie care avusese de suferit de pe urma legăturii cu răscoala Stuart, a hotărât ca el să primească o educație de primă clasă și, după școala parohială, l-au trimis la Academia Montrose, unde a rămas până la vârsta neobișnuită de 17 ani și jumătate. Apoi a intrat la Universitatea din Edinburgh, unde s-a distins ca erudit în greacă.

În octombrie 1789, a fost hirotonit ca ministru al Bisericii Scoției, dar a avut puțin succes în continuare. Potrivit Autobiografiei lui John Stuart Mill, tatăl său, deși „educat în crezul presbiterianismului scoțian, a fost determinat de timpuriu, prin propriile studii și reflecții, să respingă nu numai credința în Revelație, ci și fundamentele a ceea ce se numește în mod obișnuit Religie naturală”. Din 1790 până în 1802, în timp ce se întreținea prin diverse meditații, a urmat, de asemenea, diverse studii istorice și filosofice. Cu puține perspective de carieră în Scoția, în 1802 a plecat la Londra, în compania lui Sir John Stuart de Fettercairn, pe atunci membru al parlamentului pentru Kincardineshire, și s-a dedicat operei sale literare. Din 1803 până în 1806, a fost editorul unui periodic ambițios numit Literary Journal, care încerca să ofere o imagine sumară a tuturor departamentelor principale ale cunoașterii umane. În această perioadă a editat, de asemenea, St James’s Chronicle, publicat de același proprietar. În 1804 a scris un pamflet despre comerțul cu porumb, argumentând împotriva unui tarif (sau „recompensă”) la exportul de cereale. În 1805 a publicat o traducere (cu note și citate) a An Essay on the Spirit and Influence of the Reformation of Luther de Charles de Villers asupra Reformei, precum și un atac asupra presupuselor vicii ale sistemului papal. Pe la sfârșitul acestui an a început să lucreze la Istoria Indiei Britanice, care avea să-l ocupe timp de doisprezece ani, mai degrabă decât cei trei sau patru la care se așteptase.

În acel an s-a căsătorit și cu Harriet Burrow, a cărei mamă, o văduvă, ținea ceea ce pe atunci era cunoscut ca un stabiliment pentru nebuni în Hoxton. Au luat o casă în Pentonville, unde s-a născut fiul lor cel mare, John Stuart Mill, în 1806.

În 1808 a făcut cunoștință cu Jeremy Bentham, care era cu douăzeci și cinci de ani mai în vârstă decât el și care, timp de mulți ani, a fost principalul său tovarăș și aliat. A adoptat în întregime principiile lui Bentham și s-a hotărât să își consacre toate energiile pentru a le aduce în fața lumii. Între 1806 și 1818, a scris pentru Anti-Jacobin Review, British Review și The Eclectic Review; dar nu există niciun mijloc de a-i urmări contribuțiile. În 1808, a început să scrie pentru mai proeminenta Edinburgh Review, la care a contribuit în mod constant până în 1813, primul său articol cunoscut fiind „Money and Exchange”. A scris, de asemenea, despre America spaniolă, China, Francisco de Miranda, Compania Indiilor de Est și libertatea presei. În „Annual Review” din 1808 se regăsesc două articole ale sale – un „Review of Fox’s History” și un articol despre „Bentham’s Law Reforms”, probabil prima sa notă publicată despre Bentham. În 1811 a colaborat cu William Allen (1770-1843), un quaker și chimist, la o publicație periodică numită Philanthropist. A contribuit pe larg la fiecare număr – temele sale principale fiind Educația, Libertatea presei și Disciplina în închisori (în cadrul căreia a expus Panopticonul lui Bentham). A lansat atacuri puternice la adresa Bisericii în legătură cu controversa Bell și Lancaster și a luat parte la discuțiile care au dus la înființarea Universității din Londra în 1825. În 1814 a scris o serie de articole, conținând o expunere a utilitarismului, pentru suplimentul celei de-a cincea ediții a Encyclopædia Britannica, cele mai importante fiind cele despre „Jurisprudență”, „Închisori”, „Guvernare” și „Dreptul națiunilor”.

Istoria Indiei britanice a fost publicată în 1818 și a obținut un mare succes imediat și durabil. Ea a adus o schimbare corespunzătoare în norocul autorului, iar în anul următor a fost numit funcționar la India House, în importantul departament de Examinator al corespondenței indiene. A urcat treptat în grad până când, în 1830, a fost numit șef al biroului, cu un salariu de 1.900 de lire sterline, majorat în 1836 la 2.000 de lire sterline. Marea sa lucrare de economie, Elements of Political Economy (Elemente de economie politică), a apărut în 1821 (ed. a 3-a și revizuită în 1825).

Între 1824 și 1826, Mill a contribuit cu o serie de articole la Westminster Review, organul Partidului Radical, în care a atacat Edinburgh și Quarterly Reviews, precum și instituția ecleziastică. În 1829 a apărut Analysis of the Phenomena of the Human Mind (Analiza fenomenelor minții umane). Din 1831 până în 1833, Mill s-a ocupat în mare măsură de apărarea Companiei Indiilor Orientale, în timpul controversei care a însoțit reînnoirea cartei acesteia, el fiind, în virtutea funcției sale, purtătorul de cuvânt al Curții de Administrație a acesteia. Pentru London Review, fondată de Sir William Molesworth în 1834, a scris un articol remarcabil intitulat „The Church and its Reform” (Biserica și reforma ei), care a fost mult prea sceptic pentru acea vreme și a rănit Westminster Review. Mill însuși a fost ateu. Ultima sa carte publicată a fost Fragmentul despre Mackintosh (1835).

.