În 1931, Serviciul de Sănătate Publică al Statelor Unite a înființat o Unitate de Igienă Dentară în cadrul Institutelor Naționale de Sănătate. Desemnat ca primul lucrător de cercetare dentară, Dr. H. Trendley Dean a studiat comunitățile afectate de boala orală cunoscută sub numele de smalț pestriț. Ca urmare a punerii în aplicare a unui test de fluorizare a apei în Grand Rapids, Michigan, Institutul Național de Cercetare Dentară (NIDR), a fost înființat de președintele Harry S. Truman la 24 iunie 1948. Primele subvenții și burse care au sprijinit cercetarea dentară au fost acordate în anul următor.

Într-un efort de extindere a NIDR, planurile de finanțare a construcției unei clădiri pentru institut au fost aprobate de președintele Dwight D. Eisenhower în 1958. Institutul Național de Cercetare Dentară a înființat, de asemenea, Laboratorul de Biochimie pentru a continua cercetările privind structura și funcțiile diferitelor proteine. În continuarea acestei extinderi, în 1967 a fost aprobat un grant pentru dezvoltarea mai multor facilități de cercetare dentară în diverse universități. Acest program spera să stabilească medii de cercetare și formare, precum și să promoveze abordări interdisciplinare pentru combaterea bolilor orale.

În plus față de Laboratorul de Biochimie, alte laboratoare au fost înființate în anii 1974 și 1975. Aceste laboratoare nou înființate s-au axat pe domeniul medicinei orale, precum și pe domeniile microbiologiei și imunologiei. Un alt efort de extindere a cercetării a fost implementat un deceniu mai târziu. Programul Dentist Scientist Award Program a avut ca scop să ofere dentiștilor oportunități și stimulente pentru a desfășura cercetări independente privind sănătatea orală.

În 1986, cel mai amplu studiu privind sănătatea dentară a adulților americani a fost finalizat de către NIDR. Acest studiu a fost primul care a examinat bolile de sănătate orală pe o scară largă și detaliată. În urma acestui studiu, în 1993, a fost înființat National Oral Health Information Clearinghouse. Scopul acestei baze de date este de a oferi resurse pentru profesioniștii din domeniul sănătății, pacienți și publicul larg în ceea ce privește sănătatea orală. Continuându-și misiunea de a distribui informații importante despre sănătate, NIDR și-a lansat site-ul oficial în 1996.

În urma celei de-a 50-a aniversări, NIDR și-a schimbat numele în Institutul Național de Cercetare Dentară și Craniofacială (NIDCR).

În 2001, NIDCR a lansat planul său modernizat pentru a elimina disparitățile în materie de sănătate orală pe teritoriul Statelor Unite. Institutul a dat curs acestui plan prin înființarea a cinci noi Centre de cercetare pentru reducerea disparităților în materie de sănătate orală.

Un deceniu mai târziu, Martha J. Somerman a fost numită cel de-al optulea director al NIDCR. Prin încurajarea cercetării fundamentale și dezvoltarea cercetătorilor, NIDCR își propune să promoveze sănătatea, să prevină bolile și afecțiunile și să dezvolte noi diagnostice și terapii.

.