MODELLER este utilizat pentru modelarea homologică sau comparativă a structurilor tridimensionale ale proteinelor (1,2). Utilizatorul furnizează o aliniere a unei secvențe care urmează să fie modelată cu structuri înrudite cunoscute, iar MODELLERcalculează automat un model care conține toți atomii care nu sunt de hidrogen.MODELLER implementează modelarea comparativă a structurilor proteice prin satisfacerea restricțiilor spațiale (3,4) și poate efectua multe sarcini suplimentare, inclusiv modelarea de novo a buclelor din structurile proteice, optimizarea diferitelor modele de structuri proteice în raport cu o funcție obiectiv definită în mod flexibil, alinierea multiplă a secvențelor și/sau structurilor proteice, gruparea, căutarea în bazele de date de secvențe, compararea structurilor proteice, etc. MODELLER este disponibilpentru descărcare pentru majoritatea sistemelor Unix/Linux, Windows și Mac.
Există în comerț mai multe interfețe grafice pentru MODELLER. Există, de asemenea, multe alte resurse și persoane care utilizează MODELLERîn interfețe grafice sau web sau alte cadre.
- B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
- M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Comparative protein structure modeling of genes and genomes.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
- A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
- A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modelarea buclelor în structurile proteinelor, Protein Science 9. 1753-1773,2000.
Versiunea actuală a Modeller este 10.1, care a fost lansatăla 18 martie 2021. Modeller este în prezent întreținut deBen Webb.
.