Înainte de existența sa, o mulțime de predicatori nazarineeni conservatori au simțit că denominația lor se îndrepta spre liberalism (Biserica Nazarineanului), unul dintre ei se numea Rev. Glenn Griffith. În toamna anului 1955, Rev. Glenn Griffith a ținut o întâlnire în cort în Idaho, în urma întâlnirii, grupul adunat la întâlnirea din cort s-a simțit convins să formeze o nouă denominațiune după modelul bisericii lor mamă, această denominațiune se va numi „Uniunea Misionară Biblică”. Glenn Griffith va fi moderatorul lor general, în lunile următoare un număr de biserici nazarinene se vor retrage pentru a se alătura BMU. Abia un an mai târziu, în 1956, BMU își va ține Conferința Generală în Colorado; în cadrul acestei întâlniri, reverendul Elbert Dodd și reverendul Spencer Johnson se vor alătura acestei noi denominații, iar în timpul conferinței vor redenumi denominația, care se va numi Biserica Misionară Biblică. Conferința din 1956 denominațiunea a votat ca reverendul Glenn Griffith și reverendul Elbert Dodd să fie moderatori generali ai Bisericii Misionare Biblice.
La sfârșitul anilor 1950, Biserica Misionară Biblică a construit instituția lor de formare a laicilor și predicatorilor în Rock Island, Illinois.
În 1958, reverendul Glenn Griffith a părăsit Biserica Misionară Biblică și alte câteva biserici din cauza problemei divorțului, mai târziu au format Asociația Bisericilor Wesleyene de Sfințenie.
În 1987, mai multe biserici au părăsit B.M.C. din cauza unor conflicte de interese în ceea ce privește conducerea bisericii și va fi considerată o perioadă întunecată pentru denominațiune.
În 2003, mai multe biserici au părăsit B.M.C. după Conferința Generală din cauza utilizării conservatoare a internetului și a legalismului, însă, spre deosebire de divizarea din 1987, bisericile care au plecat au fost mult mai organizate în această chestiune și au format Biserica Nazarineană Pilgrim. Este interesant de notat că P.N.C. a fuzionat cu Bible Methodist Connection of Churches în 2019, dar în 2008 câteva biserici P.N.C. au plecat pentru a forma Wesleyan Nazarene Church din cauza a ceea ce ei considerau că liberalismul se strecoară în denominație.
Cea mai recentă Conferință Generală a fost în 2019, cu Rev. Rodger Moyer și Rev. John Kinnaman ca moderatori generali.
În prezent, Biserica Misionară Biblică este una dintre cele mai mari denominațiuni ale Mișcării Conservatoare de Sfințenie, însă ar fi considerată a fi cea mai izolată. Ei recunosc alte biserici de sfințenie, dar fac puține servicii de închinare comune. Sunt considerați neoficial ca făcând parte din Convenția Interchurch Holiness, dar nu participă aproape deloc la niciuna dintre convenții.
.