Numele „Óbidos” este o latinizare (oppidum, cetate) derivat din mai vechiul nume celtic „Eburobricio”. Municipiul și-a avut creșterea de la o așezare romană de lângă poalele unui escarpament ridicat. Regiunea Óbidos, care se întinde de la Atlantic până în interiorul provinciei Estremadura, de-a lungul râurilor și lacurilor, a fost locuită încă din paleoliticul târziu. O așezare a fost construită de triburile celtice timpurii, care mai târziu a fost un centru de comerț pentru fenicieni. Dovezile arheologice de la baza turnului medieval (la sud de Facho) de la Castelul Óbidos indică o construcție romană legată de un avanpost al civitas romană Eburobrittium, o mare zonă urbană care a fost supusă unor săpături. Cercetările arheologice au determinat rămășițele unui forum, băi și alte structuri romane în apropierea așezării.
După căderea Romei, regiunea a intrat sub influența vizigoților, deși lipsesc înregistrările specifice. Orașul roman Eburobrittium a fost abandonat în secolul al V-lea pentru vârful mai sigur al dealului unde se află astăzi așezarea principală. Cândva după 713, maurii au stabilit o fortificație pe acest munte, în timp ce o comunitate creștină de mozarabi trăia în cartierul Moncharro.
Zona a fost luată de la mauri de către primul rege al Portugaliei, Afonso Henriques, în 1148. Tradiția afirmă că un cavaler, Gonçalo Mendes da Maia, a fost responsabil pentru asaltul reușit al castelului maur. Cucerirea orașului Óbidos a fost o etapă finală în cucerirea regiunii provinciei Estremadura, după colonizarea Santarém, Lisabona și Torres Vedras. În urma controlului asupra regiunii, așezarea a primit primul foral (charter) în 1195, în timpul domniei regelui Sancho I. În 1210, regele Afonso al II-lea a dat titlul acestui sat reginei Urraca. De atunci, Óbidos a fost deseori patronat de reginele Portugaliei, dând naștere titlului său informal de Vila das Rainhas (în engleză: orașul reginelor); mai multe consoarte regale au îmbogățit satul cu donații din Evul Mediu până în secolul al XVI-lea.
Castrul și zidurile din Óbidos au fost remodelate în timpul domniei regelui Dinis I. Structura de calcar și marmură a fost consolidată și elaborată, în timp ce donjonul a fost creat în secolul al XIV-lea, de către regele Fernando. În momentul primului proiect de remodelare, așezarea crescuse și dincolo de porțile castelului.
Biserica Santa Maria din Óbidos a fost cadrul nunții Regelui Afonso al V-lea cu verișoara sa, Prințesa Isabella de Coimbra, la 15 august 1441, când amândoi erau încă copii de 9 și, respectiv, 10 ani. Reformele administrative conduse de Regele Manuel I la Óbidos în 1513, au inclus instituirea unei carți oficiale și o recalificare majoră a zonei urbane.
Tremurul din 1755 a provocat pagube la zidurile satului, la câteva biserici și la multe clădiri, și a dus la pierderea arhitecturii de inspirație arabă sau medievală. În mod similar, Războaiele Peninsulare au fost purtate în apropiere de Óbidos, inclusiv Bătălia de la Roliça. Mai recent, satul a fost un centru de guvernare și loc de întâlnire pentru cei implicați în Revoluția Garoafelor din 1974, legându-l de revolta mișcării forțelor armate.
.