O Centrum HMS LINCS

Centrum LINCS Harvard Medical School (HMS) jest finansowane z grantu NIH U54 HL127365 i stanowi część programu NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). Ogólnym celem tego programu jest gromadzenie i rozpowszechnianie danych oraz narzędzi analitycznych potrzebnych do zrozumienia, w jaki sposób ludzkie komórki reagują na zakłócenia wywołane przez leki, środowisko i mutacje. Dalsze informacje na temat LINCS i innych uczestniczących ośrodków są dostępne na stronie internetowej programu.

Centrum LINCS HMS ma na celu odkrycie podstawowych zasad odpowiedzi komórkowej na perturbacje, w tym związku między dawką a odpowiedzią, pochodzenia i znaczenia zmienności między komórkami oraz molekularnych podstaw wrażliwości i oporności na leki. Dane generowane w HMS obejmują wielokrotne badania biochemiczne, proteomiczne i obrazowe, dla których standardy rozpowszechniania są słabo rozwinięte; poprawa tych standardów i uwolnienie wszystkich danych, algorytmów i wniosków z naszych zeszytów i papierów jest kluczowym celem Centrum. Centrum opracowuje również nowe algorytmy do wielkoskalowej analizy złożonych zestawów danych perturbagen-reakcja, które są dostępne poprzez dostosowane strony podsumowujące projekt. Zwykle publikujemy co najmniej jedną analizę biologiczną każdego zbioru danych, ale prace te opisują tylko jedno z wielu zastosowań danych. Zachęcamy użytkowników do eksploracji danych pierwotnych w oparciu o własne pomysły i algorytmy.

Badania

Skupiamy się na biochemicznych i komórkowych badaniach (i) drobnocząsteczkowych inhibitorów kinaz, wiodącej klasy środków terapeutycznych w leczeniu raka, chorób autoimmunologicznych i innych chorób; (ii) modyfikatorów epigenomu, takich jak inhibitory bromodomen i HDAC; oraz (iii) naturalnie występujących ligandów, takich jak czynniki wzrostu i cytokiny zapalne. W sumie profilujemy odpowiedzi ~100 linii komórkowych i pierwotnych typów komórek na ~400 perturbagenów przez dawkę i czas.

Dostęp do danych, algorytmów i narzędzi

HMS LINCS zapewnia terminowy publiczny dostęp do wszystkich istotnych danych i oprogramowania zgodnie z polityką udostępniania danych programu NIH LINCS. Obsługiwane są zarówno proste pobieranie, jak i dostęp programowy.

Eksploracja danych i przypadki użycia: Strony podsumowujące i eksploracyjne dla publikacji HMS LINCS zawierają opisy kluczowych wyników, łącza do odpowiednich zbiorów danych w bazie HMS LINCS Database oraz niestandardowe narzędzia do wizualizacji danych. Te i inne narzędzia są dostępne na naszej stronie oprogramowania.

Dostęp do danych: Wszystkie publicznie opublikowane zbiory danych HMS LINCS i metadane odczynników są dostępne za pośrednictwem bazy danych HMS LINCS Database, w której funkcje wyszukiwania umożliwiają wyszukiwanie określonych zbiorów danych i odczynników (np. według typu komórki lub perturbagenu). Te funkcje wyszukiwania i pobierania są aktywnie ulepszane, dlatego zachęcamy użytkowników do przesyłania informacji zwrotnych na adres lincs-feedback hms.harvard.edu.

.