Zespół IPEX rozwija się najczęściej w ciągu pierwszych kilku dni lub tygodni życia i dotyczy wyłącznie chłopców. Klasycznie objawia się sekwencyjnym występowaniem triady enteropatii, choroby autoimmunologicznej (szczególnie cukrzycy typu I) i zajęcia skóry, ale cechy kliniczne i nasilenie choroby mogą się znacznie różnić u poszczególnych osób. Ciężka enteropatia autoimmunologiczna objawia się trudną do opanowania biegunką wydzielniczą prowadzącą do zaburzeń wchłaniania, zaburzeń elektrolitowych i braku przyrostu masy ciała. Obserwuje się również wymioty, krętactwo, zapalenie żołądka i jelita grubego. U pacjentów występują również autoimmunologiczne endokrynopatie, zazwyczaj cukrzyca insulinozależna (DM typu 1), często w okresie niemowlęcym lub wczesnodziecięcym, ale także zapalenie tarczycy prowadzące do niedoczynności lub nadczynności tarczycy. Zajęcie skóry składa się z uogólnionej wysypki przypominającej egzemę, łuszczycę i/lub atopowe lub złuszczające zapalenie skóry. Rzadziej obserwuje się łysienie lub onychodystrofię. U pacjentów mogą wystąpić cytopenie autoimmunologiczne, trombocytopenia, niedokrwistość hemolityczna i neutropenia. Zajęcie autoimmunologiczne może również prowadzić do zapalenia płuc, zapalenia wątroby, zapalenia nerek, zapalenia mięśni, powiększenia śledziony i (lub) powiększenia węzłów chłonnych. Mogą wystąpić miejscowe lub układowe zakażenia (np. zapalenie płuc, zakażenia Staphylococcus aureus, kandydozy), ale wydaje się, że są one spowodowane raczej utratą bariery skórnej i jelitowej, terapiami immunosupresyjnymi i złym odżywianiem niż pierwotnym niedoborem odporności. Opisywane są objawy neurologiczne, w tym neuropatia obwodowa, miopatia i hipotonia,

.